Native Command Queuing (NCQ) è una tecnologia progettata per aumentare le prestazioni dei dischi rigidi SATA sui computer. Può farlo in determinate situazioni permettendo al singolo disco rigido di ottimizzare internamente l'ordine in cui esegue le richieste di lettura e scrittura ricevute. Ciò può ridurre la quantità di movimento inutile della testina del disco e, di conseguenza, migliorare le prestazioni (e diminuire leggermente l'usura del disco) per i carichi di lavoro in cui più richieste di lettura/scrittura sono in sospeso allo stesso tempo. Questa situazione si verifica più spesso nelle applicazioni di tipo server. Tuttavia, l'attuale tecnologia (a partire dal 2004) rallenta di fatto l'accesso HD in alcune applicazioni, come i giochi e le letture e scritture sequenziali, a causa della latenza aggiunta indotta dalla logica NCQ. [fatto obsoleto]
La coda di comando nativa è stata preceduta dalla versione di Parallel ATA di Tagged Command Queuing (TCQ). Il tentativo di ATA di integrare TCQ è stato limitato dal requisito che gli adattatori del bus host ATA utilizzano i protocolli dei dispositivi di bus ISA per interagire con il sistema operativo. L'elevato overhead della CPU che ne risultava e l'aumento trascurabile delle prestazioni hanno contribuito alla mancanza di accettazione del TCQ da parte del mercato.
NCQ si differenzia da PATA TCQ in quanto il riordino dei comandi viene eseguito dall'azionamento piuttosto che dal sistema operativo, e ogni comando ha la stessa importanza. Ciò è preferibile in quanto l'azionamento ha la maggiore conoscenza delle sue caratteristiche prestazionali, ed è in grado di tenere conto della posizione di rotazione. NCQ e PATA TCQ hanno una lunghezza massima della coda di 32 comandi in volo (31 in pratica), mentre SCSI TCQ ha una lunghezza massima della coda di 264 comandi in volo.
Affinché NCQ sia abilitato, deve essere supportato e abilitato nell'adattatore del bus host SATA e nel disco rigido stesso. Il driver del dispositivo appropriato deve essere caricato nel sistema operativo per abilitare NCQ sull'adattatore del bus host. Molti chipset più recenti supportano l'Advanced Host Controller Interface (AHCI), che dovrebbe permettere ad un driver generico fornito dal sistema operativo di controllarli e di abilitare NCQ. Infatti, i più recenti kernel Linux mainstream supportano l'AHCI in modo nativo. Sfortunatamente, Windows XP richiede l'installazione di un driver specifico del fornitore anche se AHCI è presente sull'adattatore del bus host. Windows Vista corregge questa situazione includendo un driver AHCI generico.