Minnan-Wong è entrato per la prima volta in politica cittadina nel 1994. È stato quando uno dei consiglieri di North York, Barry Burton, è morto di cancro. Il consiglio comunale lo ha nominato consigliere comunale temporaneo. Dopo di che, alle elezioni di quell'anno, fu eletto. Nelle elezioni del 1997 è stato eletto nel nuovo consiglio comunale. Questo dopo la fusione di Toronto.
Nel 2011 ha sostenuto l'outsourcing della raccolta dei rifiuti. Il suo piano era di esternalizzare la raccolta dei rifiuti nella parte occidentale di Toronto. Questo ha fatto risparmiare al governo di Toronto 12 milioni di dollari all'anno. Ha anche sostenuto l'aggiunta di piste ciclabili per le strade del centro di Toronto. Si opponeva alla creazione di piste ciclabili prima di imparare ad andare in bicicletta. Questo ha creato diverse piste ciclabili nel centro di Toronto. In seguito, Minnan-Wong ha contribuito a far sì che la Bixi, una società di bike sharing, venisse gestita dalla Toronto Parking Authority. Questo perché Bixi era indebitato.
Nel dicembre 2010, il consiglio comunale di Toronto lo ha inserito nel consiglio di amministrazione di TTC. Era una delle cinque persone che hanno votato per licenziare Gary Webster nel 2012, che era il direttore generale di TTC. Dopo il licenziamento di Webster, le cinque persone sono state rimosse dal consiglio di amministrazione di TTC. Sono stati rimossi perché molti dei consiglieri non erano d'accordo con Rob Ford. Nel 2014 è stato reinserito nel consiglio di amministrazione del TTC dopo che John Tory è stato eletto sindaco.
Dopo le elezioni provinciali, Minnan-Wong si è candidato nuovamente come consigliere alle elezioni comunali del 2018. Si è candidato nella nuova circoscrizione 16 Don Valley East. Prima delle elezioni del 2018, il governo dell'Ontario ha ridotto il numero dei consiglieri del consiglio comunale di Toronto. Ha sconfitto un ex politico, David Caplan.
Nel 2014, John Tory lo ha nominato uno dei vicesindaco di Toronto.
