Sancho VI ereditò un regno debilitato, soggetto a frequenti incursioni da parte del Regno di Castiglia di Alfonso VII e della Contea di Barcellona di Raimondo Berenguer IV, anch'egli re di Aragona, che nel 1140 aveva concordato la spartizione del regno nel Trattato di Carrión.
Cercò di riparare i confini del suo regno, che erano stati ridotti dai trattati di Tudején e Carrión, che era stato costretto a firmare con Castiglia e Aragona nel suo primo regno. Con l'Accordo di Soria, la Castiglia fu infine confermata nel suo possesso dei territori conquistati. Di fronte ad una possibile presa militare castigliana di ulteriori territori della Navarra occidentale, Sancho VI riaffermò l'autorità reale fondando diverse città nel 1181, tra cui San Sebastián, Vitoria e Treviño.
Era ostile al conte Raimondo Berengario IV di Barcellona, ma il figlio di Raimondo, il re Alfonso II d'Aragona, divise con lui le terre prese da Murcia con il trattato di Sangüesa nel 1168. Nel 1190, i due vicini firmarono di nuovo un patto a Borja di protezione reciproca contro l'espansione castigliana.
Morì il 27 giugno 1194, a Pamplona, dove è sepolto.
