L'Orto botanico di Pisa, noto anche come Orto Botanico dell'Università di Pisa, è un giardino botanico di cui si occupa l'Università di Pisa. Il giardino si trova in via Luca Ghini 5, Pisa, Italia. È aperto le mattine dei giorni feriali e non costa nulla vederlo.
Il giardino fu iniziato nel 1544 sotto Cosimo I de' Medici come primo orto botanico universitario in Europa, e fu messo sotto la cura del famoso botanico Luca Ghini di Imola. Nel 1563 il giardino fu spostato dal suo posto originale vicino a un fiume (ora l'Arsenale Mediceo) a uno vicino al convento di Santa Marta. Nel 1591 il giardino fu nuovamente spostato in un terzo luogo, dove si trova tuttora. Da questi primi tempi, il giardino ha contenuto una galleria di oggetti naturali (ora il Museo di Storia Naturale di Pisa), una biblioteca (ora parte della biblioteca universitaria), e ritratti dei suoi direttori attraverso i secoli. Include anche una delle prime serre con struttura in ferro costruite in Italia.
Oggi ci sono diverse sezioni nel giardino che contengono la scuola botanica, giardini, stagni, serre e vari edifici. Le collezioni principali includono giardini di erbe e arboreti, così come l'antico istituto di botanica, costruito nel 1591-1595, con una facciata ornata di conchiglie.
