Manafort è sotto indagine da più agenzie federali. Il Federal Bureau of Investigation (FBI) ha riferito di avere un'indagine penale attiva su di lui dal 2014 per quanto riguarda gli affari in Ucraina. È anche una persona di interesse nella sonda di controspionaggio dell'FBI che cerca l'interferenza russa nelle elezioni del 2016 negli Stati Uniti, guidata da Robert Mueller.
Arresto
Il 30 ottobre 2017, Manafort si è consegnato all'FBI dopo la notizia che un gran giurì federale lo aveva incriminato. Hanno accusato Manafort di cospirazione contro gli Stati Uniti, cospirazione per il riciclaggio di denaro, mancato deposito di rapporti di conti bancari e finanziari esteri, essere un agente non registrato di un committente straniero, dichiarazioni FARA false e fuorvianti, e false dichiarazioni.
Il 15 giugno 2018, la cauzione di Manafort è stata revocata e lui è stato mandato in prigione a causa delle accuse di ostruzione alla giustizia e manomissione di testimoni che si presume siano avvenute mentre era agli arresti domiciliari. Si è dichiarato non colpevole di queste ulteriori accuse e da giugno 2018 è attualmente in attesa del processo.
Condanna
Martedì 21 agosto 2018, Manafort è stato condannato per cinque capi d'accusa di frode fiscale, due capi d'accusa di frode bancaria e un capo d'accusa per mancata segnalazione di conti bancari esteri. In totale, la giuria ha condannato Manafort per 8 dei 18 capi d'accusa contro di lui e ha detto di essere in stallo sugli altri 10 capi d'accusa (il giudice distrettuale degli Stati Uniti T. S. Ellis III ha dichiarato l'annullamento del processo su quelle accuse).
