Pepys fu una persona chiave nell'incendio del 1666. Vedendo che il vento stava spingendo il fuoco verso ovest, ordinò alla barca di andare a Whitehall, e divenne la prima persona a informare il re dell'incendio. Il re gli disse di andare dal sindaco e di dirgli di iniziare ad abbattere le case.
Pepys prese una carrozza per tornare alla vecchia cattedrale di St Paul, prima di partire a piedi attraverso la città in fiamme. Trovò il sindaco, che gli disse: "Signore, cosa posso fare? Sono sfinito: la gente non mi obbedisce. Ho tirato giù le case; ma il fuoco ci sorpassa più velocemente di quanto possiamo fare".
A mezzogiorno Pepys tornò a casa e "cenò straordinariamente bene, e in allegria, come a quest'ora potevamo essere". La sera lui e sua moglie guardarono l'incendio dalla sicurezza del Bankside: Pepys scrive che "mi ha fatto piangere vederlo". Tornando a casa, Pepys incontrò il suo impiegato, Tom Hayter, che aveva perso tutto. Sentendo la notizia che l'incendio stava avanzando, Pepys iniziò a impacchettare i suoi averi al chiaro di luna.
Un carro arrivò alle 4 del mattino del 3 settembre, e Pepys passò gran parte della giornata ad organizzare la rimozione dei suoi beni. Molti dei suoi oggetti di valore, incluso il suo diario, furono inviati ad un amico. Il giorno successivo, Pepys continuò a organizzare la rimozione dei suoi beni. A questo punto, credeva che Seething Lane fosse in grave pericolo, e suggerì di chiamare uomini da Deptford per aiutare ad abbattere le case e difendere la proprietà del re. Descrisse il caos in città e il suo curioso tentativo di salvare i propri beni:
Sir W. Pen ed io ci recammo in Tower Street, e lì incontrammo il fuoco che bruciava tre o quattro porte oltre la casa di Mr. Howell, i cui beni, pover'uomo, i suoi vassoi, i piatti, le vanghe, ecc. erano sparsi per tutta Tower Street nei canili, e la gente ci lavorava da un capo all'altro; il fuoco divampava in quella stretta strada, da entrambi i lati, con furia infinita. Sir W. Batten, non sapendo come togliere il suo vino, scavò una fossa nel giardino e lo depose lì dentro; e io colsi l'occasione per depositare tutte le carte del mio ufficio di cui non potevo disporre altrimenti. La sera io e Sir W. Pen ne scavammo un'altra e ci mettemmo dentro il nostro vino, e io il mio formaggio parmigiano, oltre al mio vino e ad altre cose.
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Diario di Samuel Pepys, martedì 4 settembre 1666.
Mercoledì 5 settembre, Pepys - che aveva preso a dormire sul pavimento del suo ufficio - fu svegliato da sua moglie alle 2 del mattino. Lei gli disse che il fuoco aveva quasi raggiunto All Hallows-by-the-Tower, e che era ai piedi di Seething Lane. Decise di mandare lei e il suo oro - circa 2350 sterline - a Woolwich. Nei giorni seguenti Pepys fu testimone di saccheggi, disordini e disordini. Il 7 settembre andò a Paul's Wharf e vide le rovine della Cattedrale di San Paolo, della sua vecchia scuola e della casa di suo padre. Nonostante tutta questa distruzione, la casa, l'ufficio e il diario di Pepys erano stati salvati.
Il diario
L'edizione completa e definitiva del diario di Pepys di Robert Latham e William Matthews fu pubblicata da Bell & Hyman, Londra, nel 1970-1983. È uno dei beni più preziosi dell'Inghilterra
