Go-Daigo divenne imperatore nel 1318 quando aveva 30 anni. Questo non era usuale per l'epoca. Di solito, i ragazzi piccoli venivano fatti imperatori. Quando diventavano uomini adulti, andavano in comunità religiose per uomini, dove creavano un governo e governavano anche se rimanevano nel monastero. Un nuovo ragazzo della famiglia imperiale veniva messo sul trono. Questo sistema, con un ragazzo sul trono in pubblico e un "ex" imperatore che governava da un monastero, era chiamato regola della clausura o insei.
Go-Daigo voleva governare il Giappone da solo. Il governo del bakufu era debole perché non era stato in grado di ricompensare i suoi guerrieri. Quando i mongoli invasero, il bakufu portò un esercito e impedì loro di invadere. Ma il modo usuale di ricompensare i guerrieri era quello di dare loro le terre e i tesori del nemico sconfitto. Poiché i mongoli erano invasori, non avevano terre che gli shogun potessero dare ai loro guerrieri. Questo rese i guerrieri scontenti degli shogun. Go-Daigo iniziò a radunare in silenzio un esercito per sconfiggere il bakufu e prendere il controllo del Giappone, ma fu scoperto. Lo shogun lo catturò e lo imprigionò nelle isole Oki.
I sostenitori di Go-Daigo combatterono per lui mentre era sulle isole Oki. Uno dei generali dello shogun, Ashikaga Takauji, cambiò schieramento. La parte di Go-Daigo vinse e Go-Daigo governò. Il suo governo è chiamato la Restaurazione Kemmu.
Go-Daigo non ricompensò Ashikaga Takauji con un grado elevato, solo il grado di consigliere. Non premiò nemmeno molti dei suoi altri sostenitori. Nel 1335 Takauji si dichiarò shogun e si ribellò. Takauji e il suo esercito catturarono Kyoto e vi insediarono uno dei parenti di Go-Daigo come imperatore. Go-Daigo scappò da Kyoto e stabilì una corte a sud di Nara. La corte di Go-Daigo governava solo le terre vicine. Così per molti anni ci furono due uomini che dicevano di essere imperatori del Giappone.
