Nel 2002, i proprietari del club decisero che volevano spostare il club da Londra. Nessuno sa davvero perché volessero trasferirsi. Dissero che c'erano troppi club a Londra, che non c'era abbastanza gente che veniva a vedere le partite. Questo significava che non raccoglievano abbastanza soldi al cancello per pagare tutti ed è per questo che non potevano permettersi di rimanere. Hanno guardato a Cardiff e Dublino prima di decidere di trasferirsi a Milton Keynes. Milton Keynes è una nuova città che si trova a 45 miglia (o 75 chilometri) a nord di Londra. Quando hanno detto cosa volevano fare, la maggior parte dei loro tifosi ha smesso di pagare per vedere le partite, il che significa che avevano ancora meno soldi per pagare tutti.
Prima che la mossa potesse avvenire, hanno dovuto ottenere il permesso della Football Association (la FA). La FA è l'associazione di tutti i club di calcio in Inghilterra. I club eleggono un comitato per decidere cosa fare delle cose. La maggior parte delle cose che devono decidere sono facili, ma questo non era facile da decidere. O forse sapevano cosa decidere ma non volevano essere loro a deciderlo. Così chiesero a tre uomini intelligenti di studiare il problema e dire loro cosa sarebbe stato meglio fare. Questi tre uomini dissero che il club doveva essere autorizzato a muoversi.
Alcuni membri del comitato non hanno gradito questa decisione e hanno cercato di fermarla. Ma i proprietari del Wimbledon F.C. hanno detto che avrebbero fatto decidere un giudice (in un tribunale) se qualcuno avesse cercato di fermarli. Costa un sacco di soldi andare in tribunale e chi perde deve pagare per tutti. Gli altri club non avrebbero accettato di pagare se questo fosse successo, così la FA ha dovuto dissentire dalla mossa.
Ma era già troppo tardi per i proprietari del Wimbledon F.C. Non avevano più soldi. Avevano preso in prestito denaro dalla banca per andare avanti, ma ora la banca voleva indietro i suoi soldi. Quando non si può ripagare ciò che si prende in prestito, questo si chiama "andare in bancarotta" ed è quello che è successo. Fortunatamente (o sfortunatamente, dipende dai punti di vista), il gruppo di Milton Keynes che per primo voleva che venissero, li voleva ancora. Così questo gruppo restituì parte del denaro e nel 2002 il club si trasferì a Milton Keynes. Cominciarono a giocare nel National Hockey Stadium, accanto alla stazione centrale di Milton Keynes e vi rimasero per due anni fino a quando il loro nuovo stadio fu pronto (2006).
A molti tifosi di calcio in Inghilterra non piaceva l'idea che un club potesse trasferirsi. Credono che un club appartenga ad una città e non sia come un negozio di mobili che chiude in una città e apre in un'altra. Un'altra ragione per cui non gli piaceva è che a loro piacerebbe vedere il proprio club entrare nella Football League. L'unico modo in cui possono farlo è se vincono il loro campionato regionale e poi vincono la Football Conference. Così hanno sentito che il Milton Keynes stava "saltando la coda" per entrare nella Lega. A causa di questo, molti tifosi si sono rifiutati di assistere ("boicottato") tutte le partite che hanno giocato
