Nel 1961, Norman Scott (nato il 12 febbraio 1940), un ex modello, incontrò Thorpe mentre lavorava come stalliere. Sostenne che lui e Thorpe ebbero una relazione sessuale tra il 1961 e il 1963, quando gli atti omosessuali erano illegali in Gran Bretagna.
Le indagini portarono Thorpe e altre tre persone ad essere accusati di cospirazione per l'omicidio di Scott. Durante le indagini, un antico collezionista di armi da fuoco, Dennis Meighan, confessò di essere stato ingaggiato da un rappresentante di una persona chiamata "un signor Big del Partito Liberale" per uccidere Scott per 13.500 sterline. Meighan affermò in seguito che la sua confessione orale del 1975 fu notevolmente abbreviata quando gli fu offerta per la firma: "Ho letto la dichiarazione, che mi ha fatto un sacco di favori, ma ha fatto anche un sacco di favori a Jeremy Thorpe, perché lo ha lasciato completamente fuori..."
Il riassunto del giudice fu ampiamente criticato per la sua parzialità, e fece notizia quando descrisse Scott come "un truffatore, un bugiardo esperto... una frode". I quattro imputati furono tutti assolti il 22 giugno 1979. Dennis Meighan non fu mai chiamato a testimoniare e rimase in silenzio fino al 2014, quando riconobbe il suo coinvolgimento e commentò: "È stato un insabbiamento, senza dubbio, ma mi andava bene".
L'Affare Scott rovinò Thorpe, che si dimise da leader del Partito Liberale, e fu sconfitto alle successive elezioni generali del 1979.
