Nella Neon Genesis Evangelion New Theatrical Version (conosciuta anche come Rebuild of Evangelion), Kaworu ha un ruolo leggermente più importante. Appare per la prima volta verso la fine di 1.0: Tu sei (non) solo, svegliandoti in una bara sulla luna. Poi si alza e guarda la terra, commentando che "il Terzo non è cambiato", e che non vede l'ora di incontrarlo (Shinji Ikari).
In 2.0: Si può (non) avanzare, Gendo Ikari e Kozo Fuyutsuki visitano la base lunare di Seele per osservare la costruzione dell'Unità 06, e vedono Kaworu seduto in cima al dito dell'Unità 06, indossando solo i pantaloni. Kaworu sembra rivolgersi a Gendo come "Padre", anche se non si sa se lo intendesse letteralmente o metaforicamente. Kaworu è anche visto brevemente indossare una tuta, ancora sulla luna, mentre Mari Illustrious Makinami si prepara a combattere Zeruel nel Geofront. La sua ultima apparizione in 2.0 è proprio alla fine del film, dopo i titoli di coda. Quella che presumibilmente è una lancia di Longinus viene scagliata verso la terra e finisce per impalare l'Unità 01, fermando Third Impact. Kaworu viene poi visto scendere verso la terra nell'Unità 06, con uno sguardo insolitamente arrabbiato sul suo volto. Promette che questa volta porterà la felicità a Shinji.
Nel film successivo, 3.0: You can (not) redo, Kaworu ha un ruolo molto più importante. Mentre Asuka e Shinji nell'Unità 01 cadono sulla terra, Kaworu dice che stava aspettando Shinji. Poi lo si vede suonare il piano nel quartier generale della Nerv, dopo che Shinji è stato portato lì dall'Unità 00. Il padre di Shinji informa poi Shinji che dovrà copilotare una nuova unità Evangelion, l'Unità 13, insieme a Kaworu (senza dire il nome di Kaworu). Kaworu chiama quindi Shinji e gli chiede di suonare il piano. Lui è titubante all'inizio, ma con la guida di Kaworu i due riescono a suonare un duetto insieme in modo tranquillo, nonostante Shinji sostenga di non saper suonare. Kaworu si presenta e gli dice che sono entrambi bambini legati dal destino. Kaworu e Shinji continuano a suonare il piano insieme (che indirettamente li aiuta a sincronizzarsi per attivare insieme l'Unità 13), e arrivano a vedersi come amici, Kaworu commenta che "è davvero nato per incontrarlo" - una citazione quasi esatta del suo ruolo nella serie originale. Quando Shinji esprime la sua paura per quello che è successo nei 14 anni in cui è stato via, Kaworu gli mostra la distruzione di quasi-Third Impact, sottolineando che è stato tutto causato da Shinji, ma anche assicurandogli che "c'è sempre speranza" e poi dicendo a Shinji che insieme, possono sistemare tutto con le due lance in Central Dogma.
Prima di pilotare l'Unità 13, Kaworu rimuove il collare DSS dal collo di Shinji e lo mette sul suo, in modo che Shinji non debba temere la morte mentre attivano l'Unità 13. Dopo essere sceso a Central Dogma per recuperare le lance, però, Kaworu si rende conto che qualcosa non va. Esorta Shinji a non prendere le lance, ma Shinji spegne i suoi comandi e le rimuove comunque. Poco dopo, Fourth Impact inizia e l'Unità 13 si risveglia. Lo strangolatore DSS inizia ad attivarsi, e Shinji è portato alla disperazione dalla consapevolezza di aver causato Fourth Impact e che Kaworu, forse il suo unico amico a questo punto, sta per morire.
Nonostante tutto, Kaworu afferma che è stato lui a scatenare il Quarto Impatto, perché è diventato il 13° Angelo. Prima di morire, Kaworu si scusa con Shinji per non essere stato in grado di portargli la felicità e promette che si incontreranno di nuovo. Il collare poi esplode, lasciando Shinji quasi-comatoso, simile al suo stato all'inizio di End of Evangelion.
