Sora e i suoi migliori amici, Riku e Kairi, progettano di lasciare le loro case sulle Destiny Islands per esplorare il loro mondo, ma i loro piani vengono interrotti quando il loro mondo viene attaccato dagli Heartless; mostri che rubano il cuore delle persone. Durante l'attacco, Sora diventa capace di usare un'arma chiamata Keyblade. Il loro mondo viene distrutto e Sora, Riku e Kairi finiscono su mondi diversi. Sora fa squadra con i personaggi Disney Donald Duck e Goofy per trovare i suoi amici perduti, e viaggiano in mondi basati su diversi film Disney, tra cui Alice nel paese delle meraviglie, La sirenetta e The Nightmare Before Christmas.
Sora apprende più tardi che Riku si è schierato con l'Oscurità e ha rapito Kairi. Riku è controllato da un Heartless chiamato Ansem, che vuole catturare donne e ragazze che sono Principesse del Cuore per poter aprire Kingdom Hearts, il cuore di tutti i mondi. Sora salva Kairi e Riku e sconfigge Ansem. Kairi torna a casa alle Destiny Islands, ma Riku rimane a Kingdom Hearts con King Mickey per difenderlo. Kingdom Hearts poi scompare. Sora dice a Kairi che non tornerà a casa finché non avrà trovato Riku, e parte con Paperino e Pippo per iniziare una nuova avventura.
