Il Basso Reno è uno degli originari 83 dipartimenti creati durante la Rivoluzione francese il 4 marzo 1790. È stato diviso in quattro distretti: Haguenau, Benfeld, Strasburgo e Wissembourg, con Strasburgo come capitale. Presto fu creato il distretto di Sarre-Union e il nome del distretto di Benfeld fu cambiato in Sélestat (nelle sue origini, Schlestadt).
Nel 1800, con la creazione degli arrondissement in Francia, i cinque distretti furono cambiati in quattro arrondissement: Strasburgo, Barr, Saverne e Wissembourg. La sottoprefettura di Barr fu spostata a Schlestadt (Sélestat) nel 1806.
Il dipartimento del Basso Reno fu eliminato nel 1871 quando il territorio divenne parte della Germania.
Nel 1919, il Basso Reno è di nuovo un dipartimento quando il territorio diventa parte della Francia con gli arrondissement di Strasburgo-Ville, Strasburgo-Campagne, Erstein, Haguenau, Molsheim, Saverne, Sélestat e Wissembourg.
Gli arrondissement Sélestat e Erstein sono stati uniti nel 1974 per formare l'arrondissement di Sélestat-Erstein.
Nel 2015, gli arrondissement Strasburgo-Campagne e Wissembourg sono stati eliminati e i loro territori sono passati agli arrondissement rimanenti, e solo 5 sono stati mantenuti: Haguenau-Wissembourg, Molsheim, Saverne, Sélestat-Erstein e Strasburgo.
