Alla morte del loro padre, l'imperatore Huayna Capac, e del loro fratello maggiore, Ninan Cuyochi, che era stato l'erede, l'impero fu diviso tra i due fratelli superstiti, Huáscar e Atahualpa. Huascar ne ottenne la maggior parte con la capitale
Cusco, e Atahualpa le parti settentrionali, compresa
Quito (oggi capitale dell'Ecuador). Per un paio d'anni i due fratelli regnarono senza problemi. Ma Huascar pretese che Atahuallpa gli prestasse giuramento. Atahuallpa rifiutò, e la guerra civile ebbe inizio.
La battaglia finale ebbe luogo a Quipaipan, dove Huascar fu catturato. Atahuallpa stava riposando nella città di Cajamarca, nelle Ande, con il suo esercito di 80.000 truppe in viaggio verso il sud e Cusco per rivendicare il suo trono.
A questo punto il conquistador spagnolo Francisco Pizarro aveva stabilito la città di Piura, il primo insediamento spagnolo in Perù, nel luglio del 1532. Dopo due mesi di marcia, Pizarro era arrivato a Cajamarca con soli 168 uomini al suo comando e aveva inviato Hernando de Soto, il frate Vicente de Valverde e l'interprete indigeno Felipillo a parlare con Atahuallpa della presenza spagnola.
Gli inviati spagnoli tornarono da Pizarro, che preparò un attacco a sorpresa contro l'esercito di Atahuallpa in quella che divenne la battaglia di Cajamarca il 16 novembre 1532.
Secondo la legge spagnola gli spagnoli dichiararono ufficialmente guerra al popolo Inca. Quando Atahuallpa chiese freddamente al sacerdote Valverde con quale autorità lui e il suo popolo potessero dire tali cose, Valverde gli offrì una Bibbia, dicendo che l'autorità veniva dalle parole in essa contenute. Egli la esaminò e poi chiese perché non gli parlava. Poi la gettò a terra. Questo diede agli spagnoli la scusa necessaria per muovere guerra agli Inca. Aprirono il fuoco e nel corso di 2 ore più di duemila soldati Inca furono uccisi. Gli spagnoli imprigionarono Atahuallpa nel Tempio del Sole.
Atahuallpa non riusciva ancora a credere che gli spagnoli volessero prendere il controllo del suo regno. Pensava che se avesse dato loro l'oro e l'argento che cercavano, se ne sarebbero andati. In cambio della sua liberazione, accettò di riempire una grande stanza d'oro e promise agli spagnoli il doppio della somma in argento. Sebbene fosse sbalordito dall'offerta, Pizarro non aveva intenzione di liberare l'Inca perché aveva bisogno dell'influenza del sovrano sui nativi per mantenere l'ordine nel paese circostante.
Ma poi Pizarro decise di farlo giustiziare perché temeva che potesse essere liberato da un generale inca. Pizarro inscenò un processo farsa e dichiarò Atahuallpa colpevole di essersi ribellato agli spagnoli e di aver ucciso Huáscar, suo fratello. Atahuallpa fu condannato all'esecuzione mediante rogo. Era inorridito, poiché gli Inca credevano che l'anima non sarebbe stata in grado di proseguire nell'aldilà se il corpo fosse stato bruciato. Frate Vicente de Valverde, che in precedenza aveva offerto la Bibbia ad Atahuallpa, intervenne di nuovo, dicendo ad Atahuallpa che se avesse accettato di convertirsi al cristianesimo avrebbe convinto gli altri a commutare la sentenza. Atahualpa accettò di essere battezzato nella fede cristiana. Gli fu dato il nome di Juan Santos Atahualpa e poi fu strangolato con una garrota invece di essere bruciato. Atahuallpa morì il 29 agosto 1533. Atahuallpa fu succeduto da suo fratello, l'Inca fantoccio Tupac Huallpa, e più tardi da un altro fratello Manco Inca Yupanqui.
