Protein Data Bank | Banca dati delle proteine
La Protein Data Bank (PDB) è una raccolta di informazioni sulla struttura tridimensionale (3-D) di grandi molecole biologiche, come proteine e acidi nucleici. Biologi e biochimici di tutto il mondo inviano i dati. La maggior parte dei dati proviene dalla cristallografia a raggi X o dalla spettroscopia NMR. Chiunque può accedere al PDB gratuitamente online. Il Worldwide Protein Data Bank, wwPDB, gestisce il PDB.
Il PDB è utile per gli scienziati che studiano la biologia strutturale e la genomica strutturale. Molti scienziati devono inviare le loro informazioni al database. Le principali riviste scientifiche e alcune agenzie di finanziamento, come il National Institutes of Health negli Stati Uniti hanno regole che dicono agli scienziati di inviare i dati al PDB. Il PDB ha i dati originali o primari. Centinaia di altri database riutilizzano i dati. Questi database secondari organizzano le informazioni in modi diversi. Per esempio, sia SCOP che CATH mettono le strutture in gruppi organizzati per tipo di struttura e idee su come sono collegate attraverso l'evoluzione. L'ontologia genica mette i dati in gruppi basati sui geni.
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- RCSB Protein Data Bank (USA)
- PDBe (Europa)
- PDBj (Giappone)
- BMRB, Biological Magnetic Resonance Data Bank (USA)
- Documentazione di wwPDB - documentazione su entrambi i formati di file PDB e PDBML
- Guardare le strutture - L'introduzione del RCSB alla cristallografia
- PDBsum Home Page - Estrae dati da altri database sulle strutture PDB.
- Nucleic Acid Database, NDB - uno specchio PDB specialmente per la ricerca di acidi nucleici
- Tutorial introduttivo su PDB sponsorizzato da PDB
Domande e risposte
D: Cos'è la Banca Dati delle Proteine (PDB)?
R: La Banca Dati delle Proteine (PDB) è una raccolta di informazioni sulla struttura tridimensionale (3-D) di grandi molecole biologiche, come le proteine e gli acidi nucleici.
D: Da dove provengono i dati contenuti nel PDB?
R: La maggior parte dei dati proviene dalla cristallografia a raggi X o dalla spettroscopia NMR.
D: Chi invia i dati per il PDB?
R: Biologi e biochimici di tutto il mondo inviano i dati.
D: Chiunque può accedere al PDB?
R: Sì, chiunque può accedere al PDB gratuitamente online.
D: Chi gestisce il PDB?
R: La Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) gestisce il PDB.
D: Perché il PDB è utile agli scienziati?
R: Il PDB è utile per gli scienziati che studiano la biologia strutturale e la genomica strutturale.
D: Chi invia le proprie informazioni al PDB?
R: Molti scienziati devono inviare le loro informazioni al database. Le principali riviste scientifiche e alcune agenzie di finanziamento, come i National Institutes of Health negli Stati Uniti, hanno regole che impongono agli scienziati di inviare i dati al PDB.
