Sciaffusa era una città stato nel Medioevo, documentata per aver battuto le proprie monete a partire dal 1045. Per un certo periodo fu sotto la dominazione asburgica, ma riacquistò la sua indipendenza nel 1415. Si alleò con Zurigo nel 1457 e divenne un membro a pieno titolo della Confederazione svizzera nel 1501. La prima ferrovia arrivò a Sciaffusa nel 1857.
Sciaffusa si trova in un dito di terra svizzera circondato su tre lati dalla Germania. Il 1° aprile 1944, Sciaffusa subì un bombardamento da parte di aerei della United StatesArmy Air Forces che si allontanarono dallo spazio aereo tedesco per entrare nella Svizzera neutrale. Mentre gli Stati Uniti offrirono immediatamente quattro milioni di dollari in risarcimenti, il raid avvenne solo un mese dopo che l'aviazione svizzera aveva abbattuto un bombardiere americano.
Nel 1947 si fuse con l'ex comune di Buchthalen. Nel 1964 si è fusa con l'ex comune di Herblingen. Dal 2009, Hemmental fa parte del comune.