Lo show presenta gli sforzi di Ares, il dio della guerra, interpretato da Kevin Smith, che tenta spesso di distruggere il suo fratellastro minore per conquistare le grazie di Zeus. Tra il suo gruppo c'è suo nipote Strife (Joel Tobeck), che è il membro più debole della squadra. La compagna di Strife è Discordia, dea del castigo (Meighan Desmond), che in più di un'occasione si comporta in modo più equilibrato e avido di potere della sua controparte.
La trama segue Ercole (Ryan Gosling) mentre frequenta l'Accademia di Cheiron per allenarsi nelle arti del guerriero sotto il saggio preside Cheiron il Centauro (Nathaniel Lees). Fa amicizia con il futuro re di Corinto, il principe Giasone (Chris Conrad) e un ladro ex membro di un gruppo di banditi Iolao (Dean O'Gorman) che è stato condannato all'accademia come alternativa alla prigione per i suoi crimini. Hercules incontra anche la prima cadetta donna dell'accademia, Lilith (Jodie Rimmer). Altri personaggi interessanti sono Kora, la custode della locanda, che, all'insaputa di Hercules e dei suoi amici, è una devota di Artemide, dea della caccia. Con lo sviluppo della serie, si scopre che Kora ha dei poteri speciali che le permettono di eseguire gli ordini di Artemide. Ci sono accenni di romanticismo tra Ercole e Kora, anche se la loro amicizia mantiene il tutto innocente.
La trama generale dello show è quella di colmare le lacune che possono esistere tra la versione di Hercules: The Legendary Journeys e gli episodi che traspaiono dalla sua giovane vita adulta, anche se molto vagamente a causa dei suoi errori di continuità, trascurando il film Young Hercules e gli episodi flashback della quarta stagione di Hercules.