La storia si svolge a bordo della nave da guerra HMS Indomitable nel 1797 durante le guerre rivoluzionarie francesi. C'è un breve prologo all'inizio e un epilogo alla fine, durante il quale il vecchio capitano ripensa alla storia accaduta molti anni prima. Il resto dell'opera racconta quella storia.
Prologo
Il capitano Vere, un uomo anziano, sta ripensando alla sua vita e al suo periodo in marina. Pensa a quello che è successo a Billy Budd qualche anno prima, e si sente triste perché non è stato in grado di salvarlo.
Atto 1
L'equipaggio dell'Indomitable sta lavorando sul ponte. C'è un uomo nuovo che lavora lì (il Novizio). Scivola e urta un ufficiale. Il novizio viene crudelmente frustato (picchiato) per questo. Nello stesso momento un altro membro dell'equipaggio arriva con tre nuovi giovani che sono stati pressati (costretti) a venire a lavorare sulla nave. Uno di questi tre uomini è Billy Budd.
Billy Budd è molto felice del suo nuovo lavoro. Si rende conto di quanto crudelmente verrà trattato. L'uomo al comando dell'equipaggio è Claggart. E' il Maestro d'Armi ed è molto crudele. Dice che pensa che Billy Budd sia un bel giovane, anche se è balbuziente. Billy dice felicemente addio alla nave su cui lavorava, chiamata Rights of Man. Non vede l'ironia nel nome di quella nave (lì aveva almeno qualche diritto, ma ora deve essere trattato male. La parola "indomabile" significa: "qualcosa che non può essere sconfitto"). A Claggart non piace l'atteggiamento di Billy e dice a Squeak di guardarlo attentamente.
Il novizio torna dalla sua fustigazione. Ha un dolore tale che non può camminare. Billy è scioccato, ma pensa che lui stesso non sarà trattato così finché obbedirà alle regole della nave.
Dansker dice ai nuovi uomini che il soprannome del capitano Vere è "Starry Vere". Billy pensa che deve essere un brav'uomo e gli giura fedeltà, anche se non l'ha ancora visto. Nella versione in quattro atti il capitano Vere arriva sul ponte e incoraggia gli uomini a fare bene in battaglia.
Atto 2
Nella sua cabina, il capitano Vere parla con i suoi ufficiali della rivoluzione francese. Parlano degli ammutinamenti avvenuti nella marina britannica. Gli ufficiali dicono che Billy potrebbe causare problemi, ma Vere pensa che i suoi uomini siano tutti buoni.
Quando Billy trova Squeak che guarda tra le sue cose, si arrabbia e il suo balbettio peggiora. Fa cadere Squeak a terra. Claggart sembra essere dalla parte di Billy, quindi non viene punito. Tuttavia, Claggart vuole essere cattivo con Billy. Dà dei soldi al Novizio e gli dice che dovrebbe convincere Billy a iniziare un ammutinamento, e che dovrebbe dare i soldi a Billy come tangente. Il Novizio non osa rifiutare. Billy rifiuta la tangente e pensa di essere ricompensato, ma Dansker lo avverte che Claggart è pericoloso. Billy è troppo ingenuo per capire quello che Dansker sta dicendo. Cantano un duetto in cui Billy canta quanto sia meravigliosa la vita sulla nave, e Dansker cerca di mettere in guardia Billy su Claggart: "Jemmy-legs è giù di morale".
Atto 3
Claggart inizia a dire a Vere che Billy potrebbe causare problemi, ma viene interrotto quando viene vista una nave francese. L'Indomitable attacca, ma perde di vista il nemico nella nebbia. Claggart ritorna e dice a Vere che Billy rappresenta una minaccia di ammutinamento. Vere non gli crede e manda a chiamare Billy in modo che Claggart possa parlargli.
Più tardi, nella cabina di Vere, Claggart ripete la falsa accusa in presenza di Billy. Ancora una volta, Billy comincia a balbettare perché è molto arrabbiato. Incapace di parlare, colpisce Claggart e lo uccide. Il capitano deve riunire gli ufficiali. Essi decidono che Billy è colpevole e lo condannano all'impiccagione. Billy implora Vere di salvarlo e gli ufficiali gli chiedono cosa dovrebbero fare, ma Vere rimane in silenzio. Entra nella cabina dove Billy è tenuto prigioniero. La musica suggerisce che il capitano sta dicendo a Billy della sua condanna a morte.
Atto 4
Dansker porta da bere a Billy. Gli dice che l'equipaggio è disposto ad ammutinarsi per il suo bene, ma Billy accetta il suo destino. Al mattino presto l'equipaggio si riunisce sul ponte e Billy viene giustiziato. Appena prima di morire loda Vere, cantando: "Vere stellato, Dio ti benedica!", e il resto dell'equipaggio fa eco alle sue parole.
Epilogo
Vere, da vecchio, ricorda la sepoltura di Billy in mare. Pensa a come il giovane lo aveva benedetto mentre moriva, e si rende conto che quella era vera bontà. Vere è ora in pace con se stesso. L'orchestra smette di suonare e la voce di Vere si sente mentre le luci si affievoliscono.
