L'arco narrativo del 2001-2008 di Bionicle è stato ambientato in un mondo di fantasia scientifica abitato prevalentemente da esseri in parte organici e in parte meccanici in un mondo sotterraneo, che esiste in enormi cupole sotterranee. Questo mondo (soprannominato "L'Universo Matoran") e le sue razze erano un tempo protetti da un Grande Spirito chiamato Mata Nui, finché non fu gettato in un sonno eterno dal malvagio Makuta Teridax e dalla Fratellanza di Makuta. Il mondo dei Matoran cominciò a cadere a pezzi. Ma la maschera della vita che era conservata all'interno di Mata Nui fu inviata nello spazio per trovare un nuovo pianeta. La maschera atterrò sul pianeta di Bara Magna e la maschera creò un piccolo corpo.
Il 2009 ha dato inizio a una nuova saga della storia, lasciandosi alle spalle gli anni precedenti e avventurandosi verso nuove possibilità come Mata Nui, dopo essere stato bandito da Makuta Teridax, atterra su un misterioso pianeta arido, chiamato Bara Magna. Qui diventa il centro della storia, e si crea nuovi alleati nel tentativo di trovare un modo per salvare il Matoran e i Toa dal dominio tirannico di Makuta Teridax.
2001 - Ricerca delle maschere
La storia inizia con sei Toa Mata: Tahu, Lewa, Gali, Kopaka, Pohatu e Onua, che arrivano su un'isola conosciuta come l'Isola di Mata Nui, non ricordando nulla al di là dei loro nomi. Hanno scoperto che gli abitanti, gli abitanti del villaggio Matoran, devono affrontare i continui attacchi dei Rahi infetti, bestie selvagge controllate dalla potente influenza del Makuta Teridax attraverso l'uso di maschere Kanohi infette, causando una guerra durata di circa 1000 anni. Dopo aver cercato e trovato numerose maschere Kanohi, i Toa ricevono ciascuno una maschera Kanohi d'oro con un enorme potere e cercano Makuta stesso. Dopo aver sfidato i feroci granchi Manas e i Toa dell'Ombra (malvagie repliche illusionistiche da doppelganger dei Toa), i Toa affrontano Makuta e lo sconfiggono unendo i loro poteri elementari.
2002 - Gli sciami di Bohrok
Dopo la sua sconfitta, Makuta liberò l'antico Bohrok. I Bohrok sono droni robotici che sono stati progettati per "purificare" l'isola di Mata Nui al suo stato "nel tempo precedente". I Bohrok cominciarono a distruggere i villaggi dell'isola, costringendo Matoran a fuggire. Un inventivo Matoran della Terra, Nuparu, costruisce un potente veicolo chiamato Boxor, fatto con parti di un Bohrok danneggiato per combattere gli sciami. I Toa, ignari dello scopo dei Bohrok, raccolgono i Krana dei Bohrok (creature simili a maschere che fungono da cervello) per affrontare le Regine Bohrok, i Bahrag: Cahdok e Gahdok. I Cahdok e Gahdok sconfitti sono sigillati in una prigione creata dai poteri elementari dei Toa. I Toa Mata sono poi esposti a una sostanza chiamata Protoderma Energizzata, che li trasforma, garantendo loro nuove armature e armi. Si ribattezzano "Toa Nuva".
2003 - Lo sciopero di Bohrok-Kal e la maschera di luce
Con Cahdok e Gahdok sconfitti, gli Sciami di Bohrok vengono fermati e restituiti ai loro alveari. Tuttavia, sei nuovi Bohrok d'élite, chiamati Bohrok-Kal, sono apparsi con lo scopo di liberare il Bahrag. Hanno poi proceduto a rubare i poteri dei Toa Nuva, che sono la chiave per rompere il sigillo. Sull'orlo della sconfitta, i Toa forzano tutti i loro poteri nei Bohrok-Kal, sovraccaricandoli e sconfiggendoli.
Poco dopo, due Matoran, Takua e Jaller, scoprirono la Maschera di Luce di Kanohi. Il loro compito era quello di attraversare l'isola di Mata Nui per trovare il Toa della Luce. Nel frattempo, Makuta creò e inviò sei creature chiamate Rahkshi per trovare la maschera e fermare la venuta dei Toa della Luce. I Rahkshi hanno attraversato Mata Nui distruggendo i villaggi di Ta-Koro e Onu-Koro. I Rahkshi sono stati fermati dai Toa, ma non prima di aver ucciso Jaller. La morte di Jaller ha fatto capire a Takua di essere il Toa della Luce, e ha indossato la maschera per diventare Toa Takanuva. Takanuva andò ad affrontare Makuta e, durante la loro battaglia, entrambi caddero in una pozza di protoderma energizzata, una sostanza argentea con il potere di cambiare o distruggere un essere, e si fusero insieme nell'essere Takutanuva. Takutanuva ha poi proceduto ad aprire la porta della città di Metru Nui, lasciando passare i Matoran e i Toa. Usando un po' della sua energia vitale, ha fatto rivivere Jaller mentre teneva ancora la porta aperta. Tuttavia, l'uso dell'energia era troppo grande e Takutanuva è stato schiacciato dalla porta, sembra che abbia ucciso sia Takanuva che Teridax, lasciando solo la Maschera di Luce di Takanuva. Takanuva è stato prontamente risvegliato quando la sua maschera è stata usata per attivare il faro di Metru Nui. In seguito, il Matoran si preparò a tornare nella città dell'isola di Metru Nui.
2004 - Leggende di Metru Nui
Mentre i Matoran si preparavano a recarsi a Metru Nui, i Turaga (gli anziani del villaggio) hanno rivelato di essere stati Toa, combattendo a Metru Nui contro minacce come la creatura della pianta di Morbuzakh e le squadre di esecuzione Vahki controllate da Dume-controllati. Essi, come Matoran, sono stati trasformati in Toa Metru dalle pietre Toa che contengono il potere sacrificato da Toa Lhikan. La loro missione era di trovare i sei Grandi Dischi e sconfiggere i Morbuzakh, una minaccia vegetale che minacciava di distruggere la città. Quando lo fecero, però, furono traditi da Dume, il Turaga della città. Più tardi scoprirono che Makuta Teridax aveva preso il travestimento di Dume e preso il controllo dei Vahki (robot delle forze dell'ordine). Il suo piano era di mettere a dormire i Matoran, cancellare i loro ricordi e risvegliarli "come loro conquistatori". I Toa fuggirono, ma furono attaccati dal Teridax. Combinando i loro poteri elementari, sono riusciti a sigillare il Teridax in una prigione di protodermi cristallizzati. I Toa viaggiarono verso una nuova isola, che più tardi sarebbe stata conosciuta come Mata Nui, facendo voto di tornare per salvare i Matoran.
2005 - La rete delle ombre
Ritornano. Tuttavia, il malvagio re Sidorak e il suo viceré Roodaka avevano regnato sull'isola, con creature feroci simili a ragni chiamate Visorak. I Toa furono presto catturati e trasformati in bestiali Toa Hordika. Per tornare alla normalità, i Toa cercarono il leggendario Rahi Keetongu. Toa Vakama, tuttavia, tradì gli altri Toa e si unì a Sidorak, che lo rese il leader dei Visorak. L'altro Toa affrontò l'orda dei Visorak in una grande battaglia e convinse Vakama a unirsi a loro. Vakama ordinò allora al Visorak di essere libero. Keetongu uccise poi Sidorak, che Roodaka e Vakama tradirono. I sei Toa sconfissero poi Roodaka con tutti e sei i loro poteri elementari. Tuttavia, questo ebbe l'effetto collaterale di liberare Makuta perché Roodaka portava con sé un frammento della sua prigione. I Toa la colpirono per questo motivo. Dopo essere stati restaurati da Keetongu, i Toa Metru portarono i Matoran su una nuova isola. Quando hanno sacrificato il loro potere per risvegliare i Matoran, sono diventati Turaga, e più tardi hanno stabilito nuovi villaggi su quest'isola chiamata Mata Nui.
2006 - Isola del Destino
I Toa Nuva hanno saputo che Mata Nui non solo stava dormendo, ma stava anche morendo. Per salvarlo, devono recarsi sull'isola di Voya Nui e cercare il misterioso Kanohi Ignika, la Maschera della Vita. I Toa Nuva partono per quest'avventura ma vengono rapidamente fatti prigionieri da sei nuovi e potenti nemici, i Piraka: Zaktann, Hakann, Vezok, Thok, Reidak e Avak. Hanno cercato la maschera per i loro scopi oscuri. Quando i Toa non sono riusciti a tornare, un gruppo di sei Matoran li ha seguiti. Jaller, Hahli, Hewkii, Nuparu, Kongu e Matoro sono fuggiti sull'isola nei contenitori dei Toa, ma mentre viaggiavano, i fulmini della Stella Rossa li hanno trasformati in Toa Inika. Al loro arrivo, vengono a conoscenza dei Piraka e di come hanno reso schiavi i Matoran locali spacciandosi per falsi Toa, per far sì che i Matoran costruissero loro una fortezza. Con l'aiuto di una piccola resistenza Matoran e dell'antico guardiano Axonn, i Toa Inika sono riusciti a liberare i Toa Nuva, a trovare il tempio della maschera e a combattere i Piraka e le altre creature che li sorvegliavano. Alla fine ne uscirono vittoriosi con i Kanohi. Ma la Maschera della Vita possedeva una volontà propria, e all'ultimo momento li sfugge tutti, precipitandosi nelle profondità del mare.
2007 - Mare delle Tenebre
Dopo l'inseguimento della Maschera della Vita, i Toa Inika scesero nelle acque dopo aver ricevuto il misterioso indizio "salva la città sommersa" da un Matoran sconosciuto, che aveva salvato Hahli dall'annegamento a costo di morire di malattia da decompressione[14]. Scoprirono un villaggio abitato di Mahri Nui che si era staccato da Voya Nui ed era affondato mille anni fa. Il villaggio era minacciato da antichi signori della guerra conosciuti come Barraki che erano stati mutati dalle vicine acque mutagene chiamate "La Fossa". I Toa, ora conosciuti come Toa Mahri, si affrontarono contro i Barraki per sopravvivere. Tuttavia, quando i Toa recuperarono la maschera, il Grande Spirito morì. Rendendosi conto che c'era ancora speranza, il Toa Matoro si precipitò al centro dell'universo e sacrificò la sua vita per far rivivere Mata Nui. Negli ultimi istanti della sua vita, Toa Matoro ha usato il potere della Maschera per teletrasportare i Toa Mahri a Metru Nui e permettere loro di respirare di nuovo l'aria. La vita del Grande Spirito si salvò, ma doveva ancora essere risvegliato.
2008 - La battaglia finale
Dopo aver ricevuto nuove armature e armi da Artakha, i Toa Nuva sono arrivati a Karda Nui, il nucleo dell'universo. Lì, sono venuti ad affrontare i Makuta che cercavano di trasformare la popolazione di Av-Matoran - Matoran della Luce - in Matoran dell'Ombra. I Toa Nuva sono stati aiutati dall'arrivo di Takanuva, ora in grado di controllare Luce e Ombra a causa dell'attacco di una sanguisuga dell'ombra, e di Toa Ignika, che è la Maschera della Vita stessa. Il Kanohi Ignika aveva fatto un corpo per se stesso perché voleva vedere cosa significava essere un essere vivente. Con le loro forze combinate, raggiunsero una struttura nel centro di Karda Nui chiamata Codrex, dove Toa Ignika dovette sacrificare il suo nuovo corpo per risvegliare Mata Nui. Takanuva, con l'aiuto del rimanente Av-Matoran non corrotto, restituì i Matoran dell'Ombra ai loro stati precedenti. Poco dopo, i Toa fuggirono dal nucleo prima che la tempesta di energia causata dal risveglio di Mata Nui potesse distruggerli. I Makuta, tuttavia, non riuscirono a fuggire e furono tutti uccisi. Tornando a Metru Nui, il risveglio di Mata Nui fu celebrato, ma la celebrazione fu interrotta quando si rivelò che il Teridax aveva preso il corpo di Mata Nui, rivelandosi l'universo dei Matoran. Intrappolando lo spirito di Mata Nui nella Maschera della Vita, lo inviò volando nello spazio in modo che l'ex Grande Spirito non potesse interferire con il suo controllo sull'universo.
2009 - La leggenda rinata
La storia di Bionicle continua dopo che Mata Nui fu bandito dal suo corpo da Makuta Teridax, su un pianeta chiamato Bara Magna. Con l'eccezione di alcune specie di fauna selvatica, Bara Magna è un pianeta arido e desertico che supporta solo poche risorse, quindi ogni tribù del pianeta ha alcuni guerrieri, chiamati Glatoriani, che combattono per loro. Queste risorse, come il cibo e l'acqua, sono distribuite di conseguenza. Gli abitanti di questo mondo sono conosciuti come Agori. Gli Agori insieme formano sei tribù diverse, ognuna affiliata a una regione. Dopo che la Maschera della Vita approda a Bara Magna, crea un corpo da usare per i Mata Nui. Mata Nui si allea con alcuni Glatoriani per sconfiggere le forze combinate degli Skrall e dei Cacciatori d'ossa, due grandi minacce per i villaggi, e cerca un modo per tornare nel suo corpo. Con l'aiuto dei suoi nuovi amici Glatoriani e Agori smaschera un traditore conosciuto come Metus e sconfigge gli Skrall e i Cacciatori d'ossa. Aiuta i villaggi del mondo a unirsi, prendendo tutti i pezzi giganteschi di robot e collegandoli in un grande prototipo di corpo robotico, un corpo come quello in cui risiede l'Universo Matoran.
2010 - Fine del viaggio
Dopo aver sconfitto lo Skrall e aver visto il resto dei villaggi unirsi, Mata Nui si oppone alla sfida di riprendersi il suo vecchio corpo dal Teridax. Viene a sapere che è stato creato dai Grandi Esseri sul pianeta di Spherus Magna, che ora è diviso in una luna giungla (Bota Magna), una luna oceanica (Aqua Magna), e il pianeta deserto rimanente (Bara Magna), come risultato della Guerra del Nucleo. Mata Nui viene anche a sapere che prima di essere costruito c'era un robot precedente, che gli Agori usano come casa. Un Agori di Tesara di nome Tarduk aiuta Mata Nui mostrandogli un'antica fonte di energia che potrebbe alimentare il vecchio robot.
In questo viaggio finale, due eroi tornano per finire la lotta: Tahu, tornato alla sua forma originale per indossare la potente Armatura d'Oro, e Takanuva. Sono aiutati da Gresh. Combattono contro il signore della guerra Skakdi, Nektann per sconfiggere Makuta e il suo esercito; orde di Rahkshi, armate di visione termica, e Skrall.
La storia continua mentre le forze dell'Universo Matoran e Glatoriano affrontano l'imminente attacco di Skakdi, Rahkshi e Skrall. L'armatura d'oro, disseminata dall'esplosione di Makuta, viene raccolta da Tahu, Gresh e Takanuva dai numerosi nemici. Tahu sconfigge il signore della guerra di Skakdi, Nektann, e poi indossa l'armatura, che incenerisce ogni Rahkshi Kraata su Bara Magna.
Teridax sostiene che distruggerà Bara Magna con l'energia gravitica, finché Mata Nui non costringerà il suo braccio verso l'alto, facendo sì che Teridax invii l'onda di energia alle lune sovrastanti. Mata Nui spinge il Teridax indietro in una delle lune in movimento, la luna verde di Bota Magna, il cui impatto distrugge il suo processore principale, che uccide il Teridax. Mata Nui piange allora il fratello che avrebbe potuto avere, nella sua mente.
Il finale si conclude quando Mata Nui usa la sua forza, e il potere della Maschera della Vita, per riunire ancora una volta Spherus Magna, per guarire coloro che sono stati mutati dal Pit Mutagen, per riportare la vita sul pianeta, e per ricostruire le caratteristiche geografiche distrutte. Lo sforzo fa sì che il suo nucleo di potere si disperda, distruggendo il prototipo di robot. Quando i Glatoriani e i Toa scoprono indenne l'Ignika nel luogo dove si trovava Mata Nui, Mata Nui parla loro dall'interno della Maschera della Vita. Dice loro che il futuro è loro e loro da costruire. Rimane poi dormiente nell'Ignika. Gli Agori, i Matoran, i Toa, i Glatoriani e tutti gli altri iniziano una nuova vita su Spherus Magna.
Il futuro di Bionicle
La linea di giocattoli Bionicle si è conclusa alla fine del 2009, dopo che i set del 2010 sono stati finalizzati per l'uscita, ed è stata sostituita nell'estate del 2010 da Hero Factory, un tema Lego compatibile con i set Bionicle. Ma nonostante questo, la storia continua nei serial scritti da Greg Farshtey online su BIONICLEstory.com.
