Governatore dello Stato di Bayelsa
Jonathan ha iniziato la sua carriera in politica nel 1998, avendo aderito al Partito Democratico del Popolo (PDP) nel 1998. Jonathan, che era stato vice governatore dello Stato di Bayelsa, è succeduto al governatore Diepreye Alamieyeseigha, che è stato impeachmentato dall'Assemblea dello Stato di Bayelsa dopo essere stato accusato di riciclaggio di denaro nel Regno Unito. Nel settembre 2006, la moglie di Jonathan è stata incriminata dall'agenzia anticrimine della nazione, la Economic and Financial Crimes Commission (EFCC), per reati legati al riciclaggio di denaro.
Gara presidenziale
Nel dicembre 2006, Jonathan è stato scelto come compagno di corsa di Umaru Yar'Adua per il biglietto presidenziale del PDP nelle elezioni dell'aprile 2007. Il 20 aprile 2007, poco prima delle elezioni presidenziali, ci fu un violento attacco dei militanti. La polizia ha detto che la gente aveva cercato di uccidere Jonathan. Tuttavia, questo non è successo.
Vice Presidenza
In seguito alla vittoria elettorale del PDP, che alcuni non ritenevano giusta, il 16 maggio i militanti hanno fatto saltare in aria la casa di campagna di Jonathan a Otu-Eke, nello stato di Bayelsa; due poliziotti sono stati uccisi nell'attacco. Jonathan non era lì in quel momento.
Presidente in carica
Il presidente Umaru Yar'Adua ha lasciato la Nigeria il 23 novembre 2009 per un trattamento medico. Non ha fatto piani per qualcuno che prendesse le sue funzioni. Il 13 gennaio 2010, una corte federale ha dato al vicepresidente Jonathan il potere di portare avanti gli affari di stato in assenza continua del presidente. Il 22 gennaio 2010, la Corte Suprema della Nigeria ha stabilito che il Consiglio Esecutivo Federale (FEC) aveva 14 giorni per decidere se il presidente Yar'Adua "è incapace di adempiere alle funzioni del suo ufficio". In un discorso nazionale nel febbraio 2010, Jonathan ha invitato tutti i nigeriani a mettere da parte le differenze religiose ed etniche per lavorare insieme per il bene comune. Jonathan ha detto: "Gli eventi del recente passato hanno messo alla prova la nostra determinazione collettiva come nazione democratica", "Sono lieto di sapere che la nostra nazione ha dimostrato resilienza e unità di intenti".
Il 9 febbraio 2010, il Senato ha deciso che il potere presidenziale doveva essere dato al vicepresidente. Quest'ultimo è stato nominato presidente ad interim, con tutti i poteri annessi, fino a quando e se Yar'Adua fosse tornato in piena salute. Il trasferimento di potere è stato chiamato un "colpo di stato senza la parola" da avvocati e legislatori dell'opposizione. La costituzione nigeriana richiede una lettera scritta del presidente che dichiari che non è in grado di prestare servizio o che il gabinetto invii un team medico per esaminarlo, ma questa disposizione non è stata apparentemente soddisfatta, lasciando alcuni dubbi sulla costituzionalità dell'azione.
