Il padre di Mark Everett è stato Hugh Everett III, uno scienziato che è stato il primo a proporre l'idea che il nostro universo è solo uno dei tanti universi "alternativi" collegati. All'epoca (1954), nessuno credeva a Everett, e lui si considerava un fallimento. Morì quando Mark aveva 19 anni.
Il primo album di Mark si chiamava Bad Dude in Love (1985). Fu pubblicato da solo, il che significa che Everett registrò e disegnò la confezione dell'intero album tutto da solo, vendendo solo cinquecento copie a pochi amici. Quell'album è stato il primo e l'ultimo ad essere pubblicato sotto il suo nome completo, Mark Oliver Everett. Il suo album successivo, A Man Called E (1992) è stato pubblicato solo come E, e ha venduto molte più copie di Bad Dude in Love. Poiché molti critici non sapevano chi fosse E, erano confusi dal titolo dell'album, ma l'album vendeva ancora bene.
Il prossimo album di Everett come E era Broken Toy Shop (1993). La copertina, che raffigura Everett seduto al centro di una città giocattolo, è stata considerata la copertina meno preferita tra tutte le sue uscite. Questo sarebbe l'ultimo album di Everett con il suo vero nome o il suo pseudonimo E, come il primo album degli Eels, Beautiful Freak, con il bassista Tommy Walter e il batterista Butch, è stato pubblicato nel 1996.
Nel 1998, Everett è diventato l'unico membro vivo della sua famiglia dopo la morte della madre per cancro ai polmoni. Sua sorella era morta di suicidio nel 1996. Scrisse 16 canzoni sulla sua tristezza che più tardi divenne il suo prossimo album degli Eels, Electro-Shock Blues, con Butch dell'ultimo album. Butch e Everett sarebbero stati anche gli unici membri ad apparire su Daisies of the Galaxy 2000.
Nel 2001, Everett ha partecipato a una vacanza filosofica in cui non gli è stato permesso di scrivere o parlare per motivi religiosi. Trovandosi ispirato, ha infranto le regole e ha scritto 12 canzoni che sarebbero poi diventate Souljacker, con Koool G Murder, Butch, Joe Gore, John Parish e Adam Siegel. Durante questo periodo, aveva smesso di radersi, e la sua barba aveva iniziato a crescere molto a lungo, come mostra questa foto. Oggi la barba di Everett è ancora più lunga, e l'ultimo album degli Eels (Hombre Lobo - spagnolo per lupo mannaro, con Koool G Murder e Knuckles) contiene canzoni che Everett ha scritto su come la barba lo faceva apparire e sentire più "pericoloso".
Dopo Souljacker, gli Eels hanno pubblicato Shootenanny!, un album che ha attirato molta attenzione negativa sulla band (all'epoca composta da E, Butch, Joe Gore e Koool G Murder) per il comportamento inappropriato di Everett agli eventi stampa a sostegno dell'album. In un'intervista a un programma televisivo australiano sulla musica rock, Everett scherzava sul fatto che l'intervistatore lo svegliasse dopo aver fatto sesso con una prostituta e essersi fatto di eroina la sera prima. Inoltre, a Everett è stato chiesto di scrivere una recensione dei diari di Kurt Cobain (morto otto anni prima); la sua recensione è stata una sola frase: "Per favore, non farmi questo dopo la mia morte". La successiva pubblicazione di Eels, Blinking Lights and Other Revelations, un concept album a doppio disco su un viaggio attraverso la vita ma non in ordine cronologico, è stata molto più ben accolta.
Oltre a questi album in studio, Eels ha anche pubblicato una raccolta Best Of, sei album dal vivo, due raccolte di materiale inedito, un libro di Everett su suo padre (e un successivo film documentario andato in onda sulla BBC), e ha scritto canzoni per undici film, tra cui tutti e tre i film di Shrek.