Primi anni (2000-02)
Nel 2000, Iwata è diventato il capo della divisione di pianificazione aziendale di Nintendo. Fu anche inserito nel consiglio di amministrazione. Nei due anni successivi, voleva che lo sviluppo dei giochi fosse più economico e più breve, assicurandosi che la qualità fosse ancora buona. Durante i suoi primi due anni alla Nintendo, l'azienda ha visto aumentare i profitti del 20 e del 41%. Il lavoro di Iwata ha contribuito a questo risultato. Quando Yamauchi, presidente dell'azienda dal 1949, si ritirò il 24 maggio 2002, Iwata divenne il quarto presidente di Nintendo. È stato il primo presidente di Nintendo che non apparteneva alla famiglia Yamauchi per motivi di sangue o di matrimonio. Yamauchi chiese a Iwata una sola cosa: "che Nintendo abbia nuove idee e crei un hardware che mostri questo ideale. E creare software che abbia lo stesso standard". Nintendo era un'azienda che voleva l'individualismo, con una politica creata da Yamauchi per creare nuove posizioni di sviluppo quando necessario. Tuttavia, questo impediva una buona collaborazione tra i dipartimenti.
Quando Iwata è stato promosso, Nintendo era ancora un'azienda redditizia. Tuttavia, non stava andando bene come gli altri produttori di console. Il GameCube stava vendendo male rispetto alla concorrenza, con la PlayStation 2 di Sony e l'Xbox di Microsoft che lo superavano. La sua presidenza avvenne anche quando il gioco online divenne popolare. Nintendo non aveva iniziato a fare giochi online. Era cauto nel farlo, dicendo: "Non siamo contro l'idea di andare online. Siamo solo pratici". Ha anche creato una relazione tra Nintendo e Capcom che ha aiutato il GameCube. Durante un'intervista nel 2002, Iwata disse che sentiva che l'industria dei giochi stava diventando troppo esclusiva. Voleva creare hardware e giochi a cui tutte le persone avrebbero voluto giocare piuttosto che concentrarsi sulla buona grafica.
Una delle prime cose che fece come presidente fu quella di incontrare direttamente i 40 capi reparto dell'azienda e altri 150 dipendenti. Questo era molto diverso da Yamauchi; Yamauchi non incontrava spesso i dipendenti e di solito teneva un solo discorso all'anno. Iwata sapeva che solo perché è presidente, non significa che tutti siano d'accordo con lui. Ha deciso di parlare con loro a livello personale. Se i dipendenti non erano d'accordo con il suo punto di vista, Iwata suggeriva loro di seguire le loro idee invece delle sue. Diceva che "i creatori si migliorano solo se corrono dei rischi". Iwata ha anche portato più dati e scienza nella parte commerciale dell'azienda. Yamauchi prendeva le decisioni usando l'intuito e l'esperienza, Iwata aveva idee con molti dati per convincere le persone. Iwata ha anche promosso Miyamoto, Genyo Takeda, Yoshihiro Mori e Shinji Hatano a direttori rappresentativi nel consiglio di amministrazione dell'azienda. Le loro posizioni avevano lo stesso potere della sua.
Rivitalizzazione dell'azienda (2003-09)
Facendo seguito alla sua intervista del 2002, Iwata disse che c'era un problema nel mercato dei videogiochi nel suo discorso principale al Tokyo Game Show del 2003. Durante questo discorso, ha pensato alla storia dell'industria e al fatto che c'era meno interesse per i videogiochi. A partire dalla fine degli anni '90, c'erano meno vendite nel mercato giapponese. Questo è continuato nei primi anni 2000. La competizione tra Nintendo e Sony ha fatto sì che le console fossero più concentrate su un hardware potente. Tuttavia, il Nintendo 64 era troppo difficile per gli sviluppatori creare giochi. Per questo motivo, il software non era così buono. Iwata chiese di fare un'analisi. Nintendo decise che concentrarsi sull'hardware non era il modo migliore per promuovere i videogiochi. Decisero di concentrarsi sul software. Nel 2004 ci fu un grande cambiamento all'interno di Nintendo. Iwata ha unito vari dipartimenti creati sotto Yamauchi. Voleva un lavoro collaborativo in tutta l'azienda. In seguito, nel 2005, ha creato un "Progetto di espansione degli utenti". I dipendenti normalmente non legati allo sviluppo dei giochi avrebbero dato idee per nuovi giochi.
In un'intervista del marzo 2004, Iwata disse: "I giochi sono arrivati a un punto morto". Disse che gli sviluppatori perdevano troppo tempo concentrandosi sui core gamers; disse che non avrebbero avuto profitti se non avessero fatto giochi per il normale giocatore. Voleva anche dimostrare che Nintendo, un'azienda "conservatrice", sarebbe diventata un nuovo grande creatore di intrattenimento. Iwata ha creato una strategia "oceano blu" per aiutare Nintendo a competere con gli altri produttori di console. Invece di competere con loro su un hardware potente, Iwata decise di creare hardware e giochi interessanti e divertenti.
Recessione finanziaria (2010-14)
| Vendite nette Nintendo per anno fiscale (2006-15) |
| Anno fiscale | | | | Vendite (mil ¥) |
| 2006 | | 508,827 |
| 2007 | | 966,534 |
| 2008 | | 1,672,423 |
| 2009 | | 1,838,622 |
| 2010 | | 1,182,177 |
| 2011 | | 1,014,345 |
| 2012 | | 647,652 |
| 2013 | | 635,422 |
| 2014 | | 571,726 |
| 2015 | | 549,780 |
| Vendite nette annuali di Nintendo in milioni di yenNota : Il verde indica un reddito operativo mentre il nero indica una perdita operativa. |
Il Nintendo 3DS e il Wii U non hanno avuto lo stesso successo del DS e del Wii. Le finanze di Nintendo sono peggiorate a partire dal 2010.