Shinya Yamanaka (nato il 4 settembre 1962 a Osaka) è un medico giapponese. Ha ricevuto il premio Nobel per la fisiologia o la medicina nel 2012 con John Gurdon. Ha vinto il Premio Wolf in Medicina nel 2011 con Rudolf Jaenisch; e il Premio Millennium Technology nel 2012 insieme a Linus Torvalds.
Fa ricerca sulle cellule staminali adulte. È direttore del Center for iPS Cell Research and Application e professore all'Institute for Frontier Medical Sciences dell'Università di Kyoto. È anche un ricercatore senior presso il J. David Gladstone Institutes, affiliato all'UCSF, a San Francisco, California, e professore di anatomia all'Università della California, San Francisco (UCSF). Yamanaka è anche l'attuale presidente della Società internazionale per la ricerca sulle cellule staminali (ISSCR).