Il recinto dell'abbazia copre 70 acri (28 ettari) ed è circondato da un muro di 11 piedi (3,4 m). Fu costruito nel XIII secolo. Alcune parti di esso sono visibili a sud e a ovest dell'abbazia.
L'area consiste in tre zone concentriche che sono tagliate dal fiume Skell, che scorre da ovest a est attraverso il sito. La chiesa e i suoi edifici si trovano al centro del recinto a nord dello Skell. La sua corte interna contiene edifici domestici che si estende fino al fiume e alla corte esterna. Ospita gli edifici industriali e agricoli.
La chiesa abbaziale originale era costruita in legno e "era probabilmente" alta due piani. Fu, tuttavia, rapidamente sostituita con la pietra. La chiesa fu danneggiata nell'attacco all'abbazia nel 1146 e fu ricostruita, in scala maggiore, sullo stesso sito. I lavori di costruzione furono completati verso il 1170. Questa struttura, completata intorno al 1170, era lunga 300 piedi (91 m) e aveva 11 campate nelle navate laterali.
Vista di Fountains Abbey guardando da ovest a sud.
La casa dell'abate, una delle più grandi di tutta l'Inghilterra, si trova a est del blocco delle latrine. Porzioni di essa sono sospese su archi sopra il fiume Skell. Fu costruita a metà del XII secolo come una modesta struttura a un piano. Dal quattordicesimo secolo, subì un'ampia espansione e rimodellamento. Nel XVI secolo, divenne una grande dimora con belle finestre a bovindo e grandi camini. La grande sala era una stanza espansiva di 52 metri per 21 metri (171 per 69 piedi).
Tra gli altri appartamenti, per la cui designazione si veda la planimetria, c'era un oratorio domestico o cappella, 46 1⁄2 per 23 piedi (14 per 7 m), e una cucina, 50 per 38 piedi (15 per 12 m).
