Nel 1869, Fujita è nato nella provincia di Awa (Tokushima).
Nel 1895 si è laureato alla scuola di arti liberali dell'Università di Tokyo con una laurea in studi di lingua cinese.
In seguito ha insegnato la storia della letteratura cinese all'Università Waseda, all'Università Toyo e in altre scuole.
Nel 1896, co-fondò il Dongya Xueyuan (東亞學院, East Asia College) con Oyanagi Shigeta e altri. Fujita ha anche fondato la rivista "Jiangsu Wenxue"《江湖文學》(Jiangsu Literature).
Nel 1897 visitò Shanghai.
Nel 1898 aiutò a creare la Dongwen Xueshe (東文學社, società di letteratura dell'Asia orientale) con Luo Zhenyu.
Dopo il 1904 Cen Chunxuan (岑春煊) governatore del Guangxi e del Guangdong chiese a Fujita di aiutare nell'educazione.
Nel 1905, aiutò anche a creare la scuola superiore di Suzhou (江苏师范学堂). Egli invitò più di 10 insegnanti dal Giappone. La dinastia Qing gli conferì poi una medaglia. Nel 1909 Fujita divenne professore alla prestigiosa Università di Pechino.
Nel 1912 tornò in Giappone. Visse a Tokyo e fece ricerche sulla storia delle interazioni tra Est e Ovest. Nel 1920 ottenne un dottorato in letteratura.
Nel 1923 fu professore alla Waseda University. Insegnava la storia del trasporto marittimo Est-Ovest e la storia delle regioni occidentali (Cina, Xiyu, l'attuale Xinjiang).
Nel 1925 divenne professore all'Università imperiale di Tokyo e primo docente di storia dell'Asia orientale.
Nel 1928 divenne professore e ministro della cultura e della politica all'Università Imperiale di Taibei (臺北帝國大學). Nel maggio 1929 tornò a Tokyo per tenere di nuovo una conferenza sulla storia dello Xiyu. Ma a luglio morì di insufficienza renale.
