Un aplogruppo è un gruppo di singoli cromosomi, o singoli filamenti di DNA, che condividono un antenato comune. Hanno la stessa mutazione in tutte le versioni.

Gli aplogruppi mostrano profonde origini ancestrali che risalgono a migliaia di anni fa.

In genetica umana, gli aplogruppi solitamente studiati sono gli aplogruppi del cromosoma Y (Y-DNA) e gli aplogruppi del DNA mitocondriale (mtDNA). Entrambi possono essere utilizzati per definire le popolazioni genetiche. L'Y-DNA viene trasmesso solo da padre a figlio, mentre l'mtDNA viene trasmesso solo dalla madre ai figli. Nessuno dei due si ricombina, e quindi l'Y-DNA e l'mtDNA cambiano solo per mutazioni casuali senza alcuna mescolanza tra il materiale genetico dei genitori.