L'Università Nazionale di San Marcos fu fondata il 12 maggio 1551, a Lima (
Perù), come "Real Universidad de la Ciudad de los Reyes" (Reale Università della Città dei Re), dall'imperatore Carlo I di
Spagna. Fu la prima università fondata ufficialmente (per decreto reale) nelle
Americhe. Il suo primo rettore fu Juan Bautista de la Roca. Durante i suoi primi anni fu un'istituzione monastica. Pedro Fernández Valenzuela fu il suo primo rettore secolare nel 1571. Il 17 settembre 1574, fu eletto il nome dell'evangelista "San Marcos" (San Marco) come nome ufficiale della principale università del Vicereame del Perù.
L'Università di San Marcos iniziò le sue lezioni con gli studi di teologia e arti, dopo alcuni anni furono introdotti gli studi di diritto e medicina. Il viceré del Perù Francisco de Toledo aiutò la secolarizzazione dell'università, allora era possibile scegliere un religioso o un laico come rettore. Durante il XVIII secolo, molti intellettuali latinoamericani dell'Università di San Marcos iniziarono a criticare il sistema coloniale. San Marcos e i collegi di San Carlos e San Fernando (dopo incorporati all'università) erano controllati dal viceré.
Durante i tempi dell'emancipazione, l'università fu una figura molto importante per i movimenti indipendentisti. Il primo congresso costituente del Perù ebbe luogo nella cappella dell'Università di San Marcos nel 1822. Durante il XIX secolo l'università tornò nel suo locale conosciuto come la "Casona", accanto al parco universitario. Fino al 1946, l'università era solitamente chiamata Università di Lima, poi in quell'anno fu ufficializzato il suo nome come "Universidad Nacional Mayor de San Marcos" (Università Nazionale di San Marcos). Nel 1951, fu aperto lo Stadio dell'Università di San Marcos, come parte delle celebrazioni del suo 400° anniversario.
Oggi, l'Università di San Marcos ha 20 facoltà e 62 scuole accademiche, essendo l'unica università peruviana che offre studi nelle principali aree del sapere (secondo i criteri dell'UNESCO). San Marcos è considerata come la principale università peruviana a causa della sua importante partecipazione durante la storia del Perù e dei suoi notevoli alunni e docenti. È l'unica università peruviana con un premio Nobel, Mario Vargas Llosa, tra i suoi alumni.