Nella fase a eliminazione diretta, le squadre si affrontano in due tempi in casa e in trasferta, ad eccezione della finale a partita unica. Il meccanismo dei sorteggi per ogni turno è il seguente:
- Nel sorteggio degli ottavi di finale, le otto vincitrici dei gironi sono teste di serie e le otto seconde classificate sono senza testa di serie. Le squadre classificate sono sorteggiate contro le squadre non classificate, e le squadre classificate ospitano la seconda tappa. Le squadre dello stesso gruppo o della stessa associazione non possono essere sorteggiate l'una contro l'altra.
- Nei sorteggi per i quarti di finale in poi, non ci sono le teste di serie, e le squadre dello stesso gruppo o della stessa associazione possono essere sorteggiate l'una contro l'altra.
Fase finale degli ottavi di finale
Il sorteggio degli ottavi di finale si terrà il 17 dicembre 2018. Le prime tappe si giocheranno il 12, 13, 19 e 20 febbraio, mentre le seconde tappe si giocheranno il 5, 6, 12 e 13 marzo 2019.
Quarti di finale
Il sorteggio dei quarti di finale si terrà il 15 marzo 2019. Le partite di andata si giocheranno il 9 e 10 aprile, mentre le partite di ritorno si giocheranno il 16 e 17 aprile 2019.
Semifinali
Il sorteggio delle semifinali si terrà il 19 aprile 2019. Le prime tappe si giocheranno il 30 aprile e il 1° maggio, mentre le seconde tappe si giocheranno il 7 e l'8 maggio 2019.
Finale
La finale si giocherà il 1° giugno 2019 al Wanda Metropolitano di Madrid. La squadra "di casa" (ai fini amministrativi) sarà determinata da un sorteggio supplementare tenuto dopo il sorteggio delle semifinali.