Il funerale di Aaliyah si tenne il 31 agosto 2001 nella chiesa di Sant'Ignazio Loyola a Manhattan. Il suo corpo è stato messo in una bara d'argento, che è stata portata in un carro funebre di vetro e trainata da un cavallo. Circa 800 persone erano presenti alla processione. Tra i presenti alla cerimonia privata c'erano Missy Elliott, Timbaland, Gladys Knight, Lil' Kim e Sean Combs. Dopo il servizio, 22 colombe bianche sono state rilasciate per simboleggiare ogni anno della vita di Aaliyah. È stata sepolta in una cripta in una stanza privata nel Rosewood Mausoleum al cimitero di Ferncliff.
La settimana dopo la morte di Aaliyah, il suo terzo album in studio, Aaliyah, salì dal numero 19 al numero uno della Billboard200. "Rock the Boat" fu pubblicato come singolo postumo. Il video musicale fu presentato in anteprima su BET's Access Granted; divenne l'episodio più visto e più votato nella storia dello show. La canzone ha raggiunto il numero 14 della BillboardHot 100 e il numero due della Billboard Hot R&B/Hip-Hop Songs. È stato anche incluso nel Now That's What I Call Music! 8; una parte dei profitti dell'album fu donata all'Aaliyah Memorial Fund. I seguenti due singoli di Aaliyah, "More than a Woman" e "I Care 4 U", raggiunsero la top 25 della Billboard Hot 100. L'album fu certificato doppio platino dalla RIAA e vendette 2,95 milioni di copie negli Stati Uniti. "More than a Woman" raggiunse il primo posto nella classifica dei singoli del Regno Unito rendendo Aaliyah la prima artista deceduta a raggiungere il primo posto nella classifica dei singoli del Regno Unito. "More than a Woman" fu sostituita da "My Sweet Lord" di George Harrison, che è l'unica volta nella storia della classifica dei singoli del Regno Unito in cui un artista morto ha sostituito un altro artista morto al numero uno.
Ha vinto due premi postumi agli American Music Awards del 2002; Favorite Female R&B Artist e Favorite R&B/Soul Album per Aaliyah. Il suo secondo e ultimo film, Queen of the Damned, è uscito nel febbraio 2002. Prima della sua uscita, il fratello di Aaliyah, Rashad, ha ri-doppiato alcune delle sue battute durante la post-produzione. Incassò 15,2 milioni di dollari nel suo primo fine settimana, posizionandosi al primo posto al box office. Nel primo anniversario della morte di Aaliyah, una veglia a lume di candela fu tenuta a Times Square, dove milioni di fan osservarono un momento di silenzio. In tutti gli Stati Uniti, le stazioni radio hanno suonato la sua musica in ricordo. Nel dicembre 2002, una raccolta di materiale inedito è stato pubblicato come primo album postumo di Aaliyah, I Care 4 U. Una parte dei proventi è stata donata al Aaliyah Memorial Fund, un programma che beneficia il Revlon UCLA Women Cancer Research Program e Harlem Sloan Kettering Cancer Center. Ha debuttato al numero tre della Billboard200, vendendo 280.000 copie nella sua prima settimana. Il singolo principale dell'album, "Miss You", ha raggiunto il terzo posto nella BillboardHot 100 e la vetta della classifica Hot R&B/Hip-Hop Songs. Nell'agosto dell'anno successivo, il rivenditore di abbigliamento Christian Dior donò i profitti delle vendite in onore di Aaliyah.
Aaliyah fu scritturata per apparire in diversi film futuri, tra cui Honey (rifatto a Jessica Alba). Some Kind of Blue e un remake prodotto da Whitney Houston del film del 1976 Sparkle furono cancellati a causa della morte di Aaliyah. Prima della sua morte, Aaliyah aveva girato parte del suo ruolo in The Matrix Reloaded e doveva apparire in The Matrix Revolutions come Zee. Il ruolo è stato poi rifuso a Nona Gaye. Le scene di Aaliyah sono state successivamente incluse nella sezione tributo della serie Matrix Ultimate Collection.
Nel 2005, il secondo album di compilation di Aaliyah, Ultimate Aaliyah è stato pubblicato nel Regno Unito dalla Blackground Records. Ultimate Aaliyah è un set di tre dischi, che includeva un greatest hits audio CD e un DVD. Andy Kellman di Allmusic ha osservato "Ultimate Aaliyah rappresenta adeguatamente la carriera accorciata di un enorme talento che ha beneficiato di alcuni dei migliori lavori di songwriting e produzione di Timbaland, Missy Elliott e R. Kelly". Un film documentario Aaliyah Live in Amsterdam è uscito nel 2011, poco prima del decimo anniversario della morte di Aaliyah. Il documentario, di Pogus Caesar, conteneva filmati inediti girati agli inizi della sua carriera nel 1995, quando si esibiva nei Paesi Bassi.
Nel 2012 il produttore musicale Jeffrey "J-Dub" Walker via twitter ha detto: "Ho appena ricevuto una grande notizia oggi; la canzone inedita chiamata "Steady Ground" che ho prodotto per #Aaliyah sarà nel suo prossimo album". Walker ha co-scritto "I Refuse" e "What if" dal terzo album di Aaliyah e ha prodotto la canzone "Steady Ground" per il suo album 'One in a Million'. Questo secondo album postumo proposto presenterebbe questa canzone usando voci demo, dato che Walker sostiene che gli originali sono stati in qualche modo persi dal suo ingegnere del suono. Tuttavia, il tweet originale di Walker che annunciava questo evento è stato rimosso, e il fratello di Aaliyah, via Twitter, ha dichiarato che "nessun album ufficiale [viene] pubblicato e sostenuto dalla famiglia Haughton".