Johnathan James Aitken (nato il 24 maggio 1978) è un difensore canadese di hockey su ghiaccio in pensione. Aitken è stato scelto all'ottavo posto nel Draft NHL del 1996 dai Boston Bruins e ha giocato tre partite per loro. Per la stagione 2000-01 si unì all'HC Sparta Praha nella Repubblica Ceca. Tornò in Nord America dopo solo un anno, e tornò in NHL durante la stagione 2003-04 con i Chicago Blackhawks, giocando 41 partite. In seguito si è diretto verso l'Austrian Hockey League per il Klagenfurt AC per la stagione 2006-07 prima di ritirarsi dall'hockey.