Flamsteed è anche ricordato per i suoi conflitti con Isaac Newton, il presidente della Royal Society all'epoca. Flamsteed si rifiutava di pubblicare lavori commissionati dal re, così nel 1712 Newton e Edmond Halley pubblicarono una versione preliminare della Historia Coelestis Britannica di Flamsteed. Lo fecero senza accreditare l'autore.
Alcuni anni dopo, Flamsteed riuscì a comprare molte copie del libro, e le bruciò pubblicamente davanti al Royal Observatory. Tuttavia, le designazioni numeriche delle stelle in questo libro sono ancora utilizzate e sono note come designazioniFlamsteed.
Nel 1725 la versione di Flamsteed della Historia Coelestis Britannica fu pubblicata postuma, a cura di sua moglie Margaret. Questa conteneva le osservazioni di Flamsteed, e comprendeva un catalogo di 2.935 stelle con una precisione molto maggiore di qualsiasi lavoro precedente. Questo fu considerato il primo contributo significativo dell'Osservatorio di Greenwich. Nel 1729 sua moglie pubblicò il suo Atlas Coelestis, assistita da Joseph Crosthwait e Abraham Sharp, che erano responsabili della parte tecnica.