Il Darfur copre un'area di circa 493.180 km² (196.555 miglia²) - poco più di due terzi della Francia e più della metà del Kenya. È in gran parte un altopiano arido con le montagne di Marrah (Jebel Marra), una gamma di picchi vulcanici che salgono fino a 3000 m, nel centro della regione. Le principali città della regione sono Al Fashir, Nyala e Geneina.
Ci sono quattro caratteristiche principali della geografia fisica. L'intera metà orientale del Darfur è coperta da pianure e basse colline di terreno sabbioso, note come goz, e colline di arenaria. In molti luoghi il goz è senz'acqua e può essere abitato solo dove ci sono serbatoi d'acqua o pozzi profondi. A nord il goz è superato dalle sabbie del deserto del Sahara. Una seconda caratteristica sono i wadi, corsi d'acqua stagionali che vanno da piccoli rivoli che si allagano solo occasionalmente durante la stagione umida a grandi wadi che si allagano per la maggior parte delle piogge e scorrono dal Darfur occidentale a centinaia di miglia a ovest fino al lago Ciad. Molti wadi hanno vasche di alluvione con terreno ricco che sono anche difficili da coltivare. L'ovest del Darfur è dominato dalla terza caratteristica, la roccia del basamento, a volte coperta da un sottile strato di terreno sabbioso. La roccia basale è troppo sterile per essere coltivata, ma fornisce una sporadica copertura forestale che può essere pascolata dagli animali. La quarta e ultima caratteristica sono le montagne Marrah, che si innalzano fino a un picco al cratere Deriba dove c'è una piccola area di clima temperato, alte precipitazioni e sorgenti d'acqua permanenti.
La stagione delle piogge va da giugno a settembre, trasformando gran parte della regione dal marrone polveroso al verde. Poiché gran parte della popolazione del Darfur è agricola, le piogge sono vitali. In anni normali, un raccolto è pronto per essere raccolto entro novembre. Una volta raccolto, gli steli secchi possono essere dati in pasto al bestiame domestico. Nell'estremo nord del deserto, possono passare anni tra una pioggia e l'altra. Nell'estremo sud, le precipitazioni medie annuali sono di 700 mm e molti alberi rimangono verdi tutto l'anno.
