Una diga fu costruita nel 13° secolo nel fiume Amstel (ecco perché la città si chiama Amsterdam). Il vecchio porto della città,
Damrak, è oggi una delle strade più frequentate della città. La città fu menzionata per la prima volta nel
1275 dal conte Floris V, conte d'Olanda e Zelanda, che diede agli abitanti di Amsterdam un po' più di libertà. La città ottenne i suoi diritti di città probabilmente nel 1306; almeno subito dopo l'anno 1300. La città divenne presto un importante porto commerciale, con una rotta commerciale di successo verso il MarBaltico. La città crebbe velocemente nel XV secolo. Poiché la città si trova fondamentalmente in una palude, i costruttori della città dovettero scavare dei canali per utilizzare il terreno di scavo per ottenere un terreno più alto per vivere. Le case erano costruite su pali di legno, e i canali servivano come una fogna primitiva piuttosto efficace.
La città fu una delle prime città dell'Europa occidentale ad essere abbastanza democratica: I cittadini ricchi sceglievano i leader della città. Amsterdam dichiarò guerra agli spagnoli nel 1578, durante la Guerra degli Ottant'anni. Quando la città di Anversa cadde in mano agli spagnoli nel 1585, molti abitanti di Anversa fuggirono ad Amsterdam. Anversa era anche un'importante città commerciale, e quando i suoi abitanti si trasferirono ad Amsterdam, portarono con loro le loro reti commerciali. Ecco perché Amsterdam divenne una città commerciale ancora più importante. Questo lanciò l'Età dell'Oro olandese. Il numero di persone che vivevano ad Amsterdam durante la guerra passò da meno di 30.000 nel 1570 a più di 100.000 nel 1622. Quel numero sarebbe addirittura salito a 200.000 verso la fine del XVII secolo, rendendo la città una città molto grande per il suo tempo (solo Londra e Parigi avevano così tante persone). Nel XVIII secolo, il numero di persone che vivevano ad Amsterdam scese a 140.000, ponendo fine all'Età dell'Oro.
Il 19° secolo fu l'epoca dei primi treni e tram ad Amsterdam. Il primo treno corse da Amsterdam a Haarlem nel 1839. Il numero di persone stava aumentando, con circa 250.000 che vivevano ad Amsterdam nel 1850, e più di 500.000 nel 1900. Amsterdam era ormai una città fortemente industrializzata. Prima della seconda guerra mondiale, c'erano circa 140.000 ebrei che vivevano ad Amsterdam. La maggior parte di queste persone non sopravvisse alla guerra. Dopo la guerra, Amsterdam è diventata un centro di tolleranza e cultura; essere diversi non è anormale ad Amsterdam. Si prevede che Amsterdam crescerà del 12,6% fino al 2025. Allora conterrà quasi 900.000 persone, e l'area metropolitana conterrà quasi 2,5 milioni di persone per allora.