L'area era la casa tradizionale degli Yandruwandha, aborigeni. Il primo europeo a visitare la zona fu Charles Sturt nel 1845. Fu seguito da A C Gregory nel 1858 e poi da Burke e Wills. Un monumento a Sturt, Burke e Wills fu costruito a Innamincka nel 1944.
Nel 1882 fu istituito un campo di polizia e seguì un piccolo insediamento. Dal 7 aprile 1889, una carrozza della Royal Mail corse quindicinalmente da Farina, gestita dai commercianti Davey e Pilkington. La città fu inizialmente chiamata Hopetoun dopo il governatore di Victoria, il conte di Hopetoun, ma non fu mai popolare tra la gente del posto. La città non fu mai molto grande, ma aveva un hotel, un negozio e una stazione di polizia. Fino al 1901 la stazione di polizia era anche il posto di dogana per raccogliere i dazi sul bestiame portato via terra dal Queensland nell'Australia del Sud. Nel 1928 l'Australian Inland Mission costruì qui un ospedale, la Elizabeth Symon Nursing Home. La grave siccità e il cattivo accesso all'insediamento portarono alla chiusura dell'hotel e dell'ospedale. Nel 1951 il posto di polizia chiuse e la città fu abbandonata.
L'aumento del turismo e la scoperta di gas e petrolio alla fine degli anni '60 portarono alla formazione di Cooper Creek Hotel Motel Pty Ltd. La compagnia aprì un hotel, un negozio e alloggi nella città abbandonata. Nel 1994 la Elizabeth Symon Nursing Home fu restaurata da Dick Smith e dall'Australian Geographic e usata come centro visitatori per il South Australian Parks and Wildlife.
Il comune della città, sulle rive del Cooper, è popolare tra i campeggiatori, così come i bagni pubblici a gettoni e le docce della città.