Le Archamoebae sono un importante gruppo di amebe. Sono inusuali tra i protisti perché non hanno mitocondri.
Il gruppo comprende molti generi che sono parassiti interni o commensali degli animali: per esempio Entamoeba e Endolimax. Alcuni sono patogeni umani, causando malattie come la dissenteria amebica. Altri generi di archamoebae vivono in habitat di acqua dolce e hanno flagelli. La maggior parte ha un solo nucleo e un solo flagello, ma l'ameba gigante Pelomyxa ne ha molti di entrambi.
L'analisi di 100 geni mostra che gli Archamoebae fanno parte degli Amoebozoa che hanno perso i loro mitocondri. Sono parenti stretti delle muffe. Forme parassitarie e commensali come Entamoeba ed Endolimax si sono sviluppate separatamente dagli antenati a vita libera.