Un flagello (plurale: flagella) è una struttura lunga, simile a una frusta, che aiuta alcuni organismi a cellula singola a muoversi. È composto da microtubuli. Essi aiutano a spingere le cellule e gli organismi in un movimento simile a quello di una frusta. Il flagello degli eucarioti di solito si muove con un movimento a "S", ed è circondato da una membrana cellulare.
Le Flagella sono strutturalmente quasi identiche alle Cilia, molto più piccole. Tanto che è stato proposto che i protisti che portano uno dei due dovrebbero essere unificati nel Phylum Undulipodia. In precedenza, Margulis aveva proposto che i soli Ciliati fossero collocati in un Phylum Ciliophora. Certo, il Protista è un insieme di forme unicellulari disparate, ma mentre una tassonomia più sofisticata è in continuo cambiamento, il termine Protista è ancora utile.
Cilia e flagella sono organuli cellulari, unità specializzate che svolgono funzioni ben definite, come mitocondri e plastidi. È abbastanza chiaro ora che tutti o la maggior parte di questi organelli hanno la loro origine in procarioti un tempo indipendenti (batteri o arcaie), e che la cellula eucariota è una "comunità di microrganismi" che lavora insieme in "un matrimonio di convenienza".
