Metroid Prime Hunters è un videogioco d'azione-avventura in prima persona per la console Nintendo DS. È stato sviluppato da Nintendo Software Technology e pubblicato da Nintendo. È stato pubblicato in Nord America il 20 marzo 2006, in Europa il 5 maggio 2006 e in Giappone il 1° giugno 2006. Quando Nintendo DS è stato lanciato nel 2004, includeva una prima demo di Metroid Prime Hunters, che a quel punto si chiamava Metroid Prime Hunters: Prima Caccia.
Come altri titoli della serie Metroid Prime, Metroid Prime Hunters è un gioco d'avventura in prima persona in cui l'attenzione è rivolta all'esplorazione e alla scoperta. Tuttavia, si differenzia dagli altri titoli per il fatto che non c'è una mira assistita, una maggiore attenzione al gameplay e il multiplayer online. Samus Aran, il personaggio principale che il giocatore interpreta, può accedere alla sua cannoniera da qualsiasi luogo. Il gioco utilizza entrambi gli schermi del Nintendo DS: lo schermo superiore serve a mostrare la salute di Samus e la quantità di un'arma rimasta, mentre quello inferiore mostra il radar. Il giocatore muove Samus con il D-pad, e la mira viene effettuata con l'uso del touch screen sullo schermo inferiore del Nintendo DS.
Il multiplayer online può essere giocato con un massimo di quattro giocatori. I giocatori possono giocare nei panni di Samus o di uno dei sei cacciatori di taglie. Ogni cacciatore di taglie ha forme e armi diverse. L'host del gioco è in grado di impostare le opzioni per i punti e i limiti di tempo, oltre a determinare se i giocatori possono o meno utilizzare il radar. Se meno di quattro giocatori si uniscono a un gioco, i personaggi controllati dal computer vengono inseriti nel gioco. In multiplayer, la schermata in basso mostra il numero di uccisioni effettuate da un giocatore e il tempo rimanente nel turno.