La nave è partita da Ushuaia, Argentina, l'11 novembre 2007, in una crociera di 19 giorni destinata a tracciare la rotta dell'esploratore del XX secolo Ernest Shackleton attraverso il Drake Passage (una zona tipicamente tempestosa con mare mosso). Dopo aver visitato le isole Falkland e l'isola della Georgia del Sud, l'esploratore ha colpito un oggetto sommerso non identificato nello stretto di Bransfield, vicino all'isola di King George nell'Oceano Antartico, vicino alle isole Shetland meridionali, il 23 novembre 2007. L'oggetto colpito dall'Explorer ha causato un foro di 25 × 10 cm (10 cm) sul lato sinistro della nave che ha permesso all'acqua di entrare nella nave.
Un passeggero ha segnalato acqua di mare in cabina alle 03:00 UTC circa. Anche se alcuni rapporti indicano che non c'è stato alcun impatto notevole, o almeno niente di più del normale scricchiolio del ghiaccio che si verifica quando si naviga in acque ghiacciate, altri rapporti dicono che c'è stato un forte botto. Alcuni rapporti indicano anche che la nave è andata alla deriva in un iceberg a dritta dell'Explorer mentre l'equipaggio stava valutando i danni causati dall'impatto originale sul lato sinistro della nave.
Alle 04:24 UTC, la nave ha effettuato una chiamata di soccorso e le operazioni di soccorso sono state rapidamente coordinate dalla Prefectura Navale (Corpo della Guardia Costiera) della Repubblica Argentina e dal Centro di Ricerca e Salvataggio della Marina Cilena. Il Cile ha inviato il rompighiaccio Almirante Viel e le vicine navi commerciali, tra cui la MN Ushuaia, la National Geographic Endeavor e la nave norvegese Coastal Express MS Nordnorge, che all'epoca operava come nave da crociera passeggeri. Alle 07:30 UTC, tutti i 91 passeggeri, 9 guide e 54 membri dell'equipaggio, provenienti da oltre 14 paesi, hanno lasciato la nave e sono saliti sulle scialuppe di salvataggio, dove sono rimasti alla deriva per tre o quattro ore, fino a quando sono stati prelevati dalla nave norvegese MS Nordnorge che è arrivata sul posto alle 10:00 UTC. Si ritiene che l'Explorer sia affondata verso le 19:00 UTC. Per coincidenza, all'inizio del 2007, la MS Nordnorge è stata coinvolta in un altro salvataggio in Antartide quando ha evacuato 294 passeggeri da una nave gemella, la MS Nordkapp, quando la Nordkapp si è arenata sull'Isola dell'Inganno, una parte di questo stesso remoto arcipelago delle Isole Shetland meridionali.
Alcuni di quelli salvati dal Nordnorge sono stati portati alla stazione cilena di Eduardo Frei Montalva sull'isola di Re Giorgio. Successivamente sono stati trasportati con i C-130 Hercules dell'Aeronautica Militare Cilena a Punta Arenas, Cile, in due voli separati, sabato 24 novembre e domenica 25 novembre 2007. Circa 70 dei sopravvissuti sono stati portati alla Base Artigas dell'Uruguay. L'Explorer è affondato entro 20 ore dopo aver colpito un oggetto sommerso sconosciuto che si dice essere di ghiaccio.
