L'Auto-Tune fu usato per gli effetti vocali in "Believe" di Cher, registrata nel 1998. Questa fu la prima canzone di grande successo ad usare il software per questo scopo. All'inizio i tecnici del suono affermarono di aver usato un vocoder, in quello che Sound on Sound disse essere un tentativo di mantenere un segreto commerciale. Dopo l'enorme successo di "Believe", molti artisti copiarono la tecnica, che divenne nota come "Effetto Cher". Si può sentire nelle canzoni della fine degli anni '90 e dei primi anni 2000. Alcuni esempi notevoli sono "La Passion" di Gigi D'Agostino e la hit di Janet Jackson, numero 1 negli Stati Uniti, "All For You". L'Auto-Tune divenne di nuovo famoso a metà degli anni 2000 quando il cantante R&B T-Pain ne fece un uso attivo nelle sue canzoni. Questa tecnica è stata copiata da molti altri artisti R&B e pop moderni, tra cui Usher, Beyoncé, Rihanna e Justin Bieber. T-Pain ha persino avuto un'applicazione per iPhone che copia l'effetto chiamata "I Am T-Pain".
Il Boston Herald ha rivelato che le star della musica country Faith Hill e Tim McGraw hanno entrambi dichiarato di usare l'Auto-Tune nelle performance. Hanno detto che è una rete di sicurezza che garantisce una buona performance. Anche Sara Evans, John Michael Montgomery e Gary LeVox del gruppo Rascal Flatts usano Auto-Tune per risolvere i problemi di intonazione. Tuttavia, altri cantanti di musica country, come Loretta Lynn, Allison Moorer, Trisha Yearwood, Vince Gill, Garth Brooks, Martina McBride e Patty Loveless, hanno rifiutato di usare Auto-Tune.
Il gruppo musicale di YouTube The Gregory Brothers ha unito i suoi brani musicali originali a versioni auto-intonate di banali video clip di notizie serali, prendendo in giro tutti, dal presidente Barack Obama ad Antoine Dodson. La popolarità del loro canale YouTube ha portato i Gregory Brothers a pubblicare molte delle loro canzoni su iTunes.
Contraccolpo dell'artista
Nel 2002, il CD Miss Fortune della cantautrice Allison Moorer è stato pubblicato con un adesivo che dichiara che "Assolutamente nessuna accordatura vocale o correzione dell'intonazione è stata usata nella realizzazione di questo disco". Al 51° Grammy Awards all'inizio del 2009, la band Death Cab for Cutie ha indossato dei nastri blu per protestare contro l'uso dell'Auto-Tune nell'industria musicale. Più tardi in primavera, Jay-Z ha chiamato il singolo principale del suo album The Blueprint 3 come "D.O.A. (Death of Auto-Tune)". Jay-Z disse che troppe persone erano saltate sul carro dell'Auto-Tune e che la tendenza era diventata un espediente. Christina Aguilera è apparsa in pubblico a Los Angeles il 10 agosto 2009 indossando una maglietta con la scritta "Auto Tune is for Pussies". Tuttavia, intervistata da Sirius/XM, disse che l'Auto-Tune non era male se usato "...in modo creativo". Ha detto che il suo album Bionic usa la tecnologia e ha evidenziato che "Elastic Love" ne è un prodotto.