Esiste anche un gioco di carte collezionabili Pokémon. I giocatori usano le carte Pokémon per combattere tra loro e le collezionano aprendo i pacchetti. Ci sono anche tornei dal vivo ospitati da Nintendo. I danni dei Pokémon sono contati da "contatori di danni" o oggetti che sono posti sulle carte per tenere traccia dei danni. Dopo aver sommato tutti i numeri sui contatori di danno, si sottraggono dagli HP (punti salute) della carta per scoprire quanti HP sono rimasti. Solo 60 carte sono usate nel mazzo di un giocatore, e sei di queste sono messe da parte in un mucchio chiamato "carte premio". Dopo che un giocatore fa fuori una carta dell'avversario, lo sconfitto prende solo una carta premio a faccia in giù per i Pokémon non-EX. Nel frattempo, quando qualcuno fa fallire un Pokémon EX, riceve due carte premio. C'è una pila degli scarti per ogni giocatore, dove vanno i Pokémon svenuti. Alcuni modi per vincere sono prendere tutte le carte premio e/o far pescare all'avversario tutte le sue carte.
Ci sono carte disegnate come vari Pokémon, che di solito hanno bisogno di carte "Energia" per usare gli attacchi. Ci sono anche carte "Allenatore", che vengono usate per altre cose oltre agli attacchi diretti dei Pokémon, come dare ai Pokemon più HP. La maggior parte dei fan della serie concorda sul fatto che un buon mazzo è composto da circa venti carte "Pokémon", venti carte "Energia" e venti carte "Allenatore".
I giocatori possono far evolvere i loro Pokémon in panchina o attivi. La Panchina è un posto che può contenere Pokémon, e questi Pokémon possono essere evoluti con la sua carta evoluzione. Anche i Pokémon attivi possono evolversi, ma possono anche usare gli attacchi. Per evolvere un Pokémon, basta mettere la sua carta evoluzione sopra di esso.
Tutte le carte Pokémon hanno dei tipi. Il tipo influenza l'efficacia di un attacco. Per esempio, una certa carta Pikachu di tipo Fulmine può usare un attacco che normalmente infligge 80 danni. Se il Pikachu lo usa contro un Pokémon con una Debolezza di +20 all'Illuminazione, si aggiungono altri 20 danni al danno normale per arrivare a 100. I tipi possono anche rendere le cose meno efficaci.
C'è anche un tipo speciale di Pokémon nel gioco di carte collezionabili chiamato Pokémon "EX". I Pokémon EX e GX sono più forti di quelli normali, ma quando vengono messi fuori combattimento, l'avversario del giocatore pesca due delle sue carte premio (con i Pokémon normali è solo una). Inoltre, c'è un altro tipo speciale di Pokémon nel gioco di carte collezionabili chiamato Pokémon "Delta Species", che hanno tipi diversi dalle carte tipiche, come un Charmander di tipo elettrico, che di solito è di tipo Fuoco. Nell'espansione del gioco di carte collezionabili "Diamond & Pearl" sono state introdotte le carte "LV.X". Queste sono un po' come le carte evoluzione, ma possono essere usate solo su Pokémon attivi. Nell'espansione "HeartGold & SoulSilver", The Pokémon Company ha rilasciato nuove carte, chiamate carte LEGEND. Le carte LEGEND sono due carte vendute separatamente che, messe insieme, formano un'unica immagine. Possono essere usate solo quando le due carte di cui sono composte vengono messe insieme; non possono funzionare separatamente.