La SUNY è governata da un Consiglio di Amministrazione, composto da sedici membri, quindici dei quali nominati dal Governatore, con il consenso del Senato dello Stato di New York. Il sedicesimo membro è il Presidente dell'Assemblea degli studenti della SUNY. Il Consiglio di Amministrazione nomina il Cancelliere che funge da Amministratore Delegato della SUNY. Il Cancelliere della SUNY è Nancy L. Zimpher.
Lo Stato di New York aiuta a finanziare il sistema SUNY, che, insieme al CUNY, fornisce un'istruzione di livello universitario a basso costo ai residenti dello Stato. Gli studenti della SUNY provengono anche da fuori dello stato e da 171 paesi stranieri. Gli studenti fuori dallo Stato e gli studenti stranieri pagano più tasse scolastiche degli studenti dello Stato di New York. Anche se le tasse scolastiche sono più alte per questi studenti non residenti, le loro tasse sono sovvenzionate dai dollari dei contribuenti dello Stato di New York.
Per l'anno accademico 2010-2011, i costi delle lezioni presso le scuole SUNY per un diploma di laurea sono meno di due terzi del costo della maggior parte delle altre istituzioni universitarie statali negli Stati Uniti Le lezioni presso l'Università Statale di New York a Buffalo per un diploma di laurea sono di 7.772,75 dollari a semestre o 15.545,50 dollari all'anno per gli studenti non residenti. Le tasse universitarie per gli studenti non residenti presso la University of Maryland sono di 24.830,44 dollari all'anno. Le tasse scolastiche per i non residenti e le tasse dell'Università dell'Oregon ammontano a 25.830,00 dollari all'anno.
Ci sono una grande varietà di college nel sistema SUNY con alcune sovrapposizioni di specialità da un sito all'altro. La SUNY divide i suoi campus in quattro categorie distinte: centri universitari/istituti di dottorato, college universitari, college tecnologici e community college. La SUNY ha anche un rapporto unico con i suoi collegi statutari che incorpora i collegi finanziati dallo stato all'interno di altre istituzioni come la Cornell University e l'Alfred University. Gli studenti dei college statali hanno il vantaggio di ricevere lezioni sovvenzionate dallo stato, mentre ricevono tutti i servizi di vita del campus delle istituzioni ospitanti.
La SUNY e la City University di New York sono sistemi universitari completamente diversi. (Tuttavia, entrambe sono istituzioni pubbliche che ricevono finanziamenti dallo Stato di New York). Inoltre, la SUNY non va confusa con l'Università dello Stato di New York (USNY), che è l'organizzazione governativa ombrello per la maggior parte delle istituzioni legate all'istruzione e per molti membri del personale (sia pubblico che privato) dello Stato di New York, e che include, come componente, il Dipartimento dell'Istruzione dello Stato di New York.
Rappresentanza degli studenti
Negli anni '70, gli studenti hanno chiesto una rappresentanza di voto nei consigli di amministrazione dei collegi SUNY. Nel 1971, la legislatura statale ha aggiunto cinque membri votanti studenti al consiglio di amministrazione della Cornell. Nel 1975, il legislatore ha aggiunto un posto di studente senza diritto di voto nei consigli di amministrazione di tutte le unità SUNY. Due lettere d'opinione del Procuratore generale dello Stato di New York hanno ridotto i diritti parlamentari degli studenti membri a partecipare alle riunioni. Questi documenti indicavano che gli studenti membri non erano in realtà funzionari pubblici. Per questo motivo il Procuratore Generale ha detto che gli studenti potrebbero essere portati in tribunale per le loro decisioni. Nel 1977, un altro emendamento statutario ha reso gli studenti membri dei consigli e dei consigli della SUNY soggetti alla NYS Public Officers Law o alla NYS General Municipal Law e ha concesso ai rappresentanti degli studenti i poteri parlamentari di spostare o distaccare le mozioni e di mettere punti all'ordine del giorno degli organi. Infine, il legislatore ha dato pieno diritto di voto ai membri degli studenti nel 1979, con il risultato che gli studenti di tutte le unità della SUNY hanno rappresentanti con diritto di voto, ad eccezione del NYS College of Environmental Science and Forestry. Infine, nel 1986, il legislatore ha dato il diritto di voto anche al rappresentante degli studenti di quel college.