Big Boss è un personaggio ricorrente nella serie di videogiochi Metal Gear, che fa l'eroe o il cattivo. È lui che ha dato i geni per fare tre cloni di se stesso, Solid Snake, Liquid Snake e Solidus Snake. In un certo senso, questo fa di lui il loro padre. Inizia come soldato della squadra delle forze speciali della CIA, l'unità FOX. In seguito crea e guida lui stesso una squadra delle forze speciali, la FOXHOUND.
In Metal Gear Solid 3, Big Boss salva senza successo lo scienziato Sokolov, perché il suo mentore, il Boss, passa dagli Stati Uniti all'Unione Sovietica. All'inizio non capiva perché. Più tardi, si spiega che il governo le ordinò di cambiare schieramento, perché era l'unico soldato che Volgin rispettasse e si fidasse abbastanza da mantenere l'eredità dei Filosofi durante la Seconda Guerra Mondiale. Il Boss si ricongiunge in seguito con la sua ex squadra di commilitoni, l'Unità Cobra. Sapeva che il Grande Capo, che nel gioco si chiamava Serpente Nudo, avrebbe dovuto ucciderla come parte della sua missione, ma lei voleva trasmettere il suo obiettivo affinché lui lo portasse a termine. Dopo aver scoperto il vero motivo della morte del Boss, perde il suo patriottismo e vuole unire il mondo sotto un unico governo. Questo perché i governi del mondo non minaccino di distruggersi l'un l'altro con armi nucleari. Il governo gli dà un nuovo nome in codice, Big Boss. Non gli piace il nome in codice, perché gli ricorda che gli è stato dato per aver ucciso il Boss. Era uno degli unici di cui gli importava veramente.
In Metal Gear 1 & 2, Big Boss tenta di usare Metal Gear per distruggere i governi del mondo, ma l'agente di FOXHOUND Solid Snake (che è anche uno dei cloni di Big Boss) lo distrugge e lo ferma.