Ryan è stato eletto per la prima volta alla Camera nel 1999, vincendo il seggio del 1° distretto di Mark Neumann, un incumbent di due anni che aveva lasciato il suo seggio per fare un'offerta senza successo per il Senato degli Stati Uniti. Ryan ha vinto il primario repubblicano sul pianista 29enne Michael J. Logan di Twin Lakes.
Ryan è diventato il membro repubblicano più importante della Commissione Bilancio della Camera nel 2008, poi presidente nel 2012 dopo che i repubblicani hanno preso il controllo della Camera. Lo stesso anno è stato scelto per dare la risposta repubblicana al discorso sullo stato dell'Unione.
Durante i suoi 12 anni alla Camera, Ryan ha sponsorizzato più di 70 disegni di legge o emendamenti, due dei quali sono stati promulgati in legge. Una, passata nel luglio 2000, ha rinominato un ufficio postale nel distretto di Ryan; l'altra, passata nel dicembre 2009, ha abbassato l'accisa sulle aste delle frecce. Ryan ha anche co-sponsorizzato 975 bollette, di cui 176 sono passate. Il 22% di queste fatture sono state originariamente sponsorizzate dai Democratici.
Nel 2010, Ryan è stato membro della Commissione nazionale bipartisan sulla responsabilità fiscale e la riforma (Commissione Bowles-Simpson), che aveva il compito di sviluppare un piano per ridurre il deficit federale. Ha votato contro il rapporto finale della commissione.
Nel 2012, Ryan ha accusato i vertici militari della nazione di usare "fumo e specchi" per rimanere sotto i limiti di bilancio approvati dal Congresso. Ryan ha poi detto di essersi espresso male sulla questione e ha chiamato il generale Martin Dempsey, il presidente dei Capi di Stato Maggiore, per scusarsi dei suoi commenti.
A partire dalla metà del 2012, Ryan ha fatto sette viaggi all'estero come parte di una delegazione del Congresso.
