Le variazioni intersessuali si verificano (anche se raramente) nelle specie che utilizzano la riproduzione sessuale. Le persone intersessuali nascono con caratteristiche sessuali che si trovano tra quelle dei tipici maschi e delle tipiche femmine. Ermafrodito è un termine che viene confuso con intersessuale, e mentre tutti gli ermafroditi sono intersessuali, non tutte le persone intersessuali sono ermafroditi. Il termine clinico "disturbi dello sviluppo sessuale" (DSD) è molto controverso.

I genitali di un individuo intersessuale possono essere atipici in qualche modo. Può essere difficile determinare se un bambino intersessuale è geneticamente maschio o femmina (con cromosomi XY o XX). Possono anche avere caratteristiche sessuali secondarie maschili e/o femminili (come la forma del corpo). Tuttavia, c'è una vasta gamma di variazioni nell'anatomia sessuale. Ci sono molte forme più sottili di anatomia sessuale, o differenze di cromosomi sessuali. Queste non si mostrano nemmeno fisicamente. Alcune non si mostrano fino a più tardi nella vita. A volte, la variazione può apparire quando il bambino raggiunge la pubertà o diventa adulto. Può anche non essere rilevata nel corso della vita di un individuo, ma man mano che la tecnologia diventa più avanzata, questa possibilità si riduce.