C'erano alcuni problemi con il credo niceno. Nel 529, la cosiddetta clausola filioque fu aggiunta al credo. Questa clausola è una delle principali differenze tra la Chiesa cattolica romana e la Chiesa ortodossa orientale. La Chiesa cattolica ha questa clausola, la Chiesa ortodossa orientale no. La clausola riguarda quanto sia divino il Padre rispetto al Figlio. Dove l'originale Credo Niceno recita "Noi crediamo nello Spirito Santo... che procede dal Padre", la versione cattolica romana alterata recita "Noi crediamo nello Spirito Santo... che procede dal Padre e dal Figlio". I cristiani cattolici romani accettano questo cambiamento, ma i cristiani ortodossi orientali lo rifiutano. Molte chiese cattoliche orientali (orientali nella liturgia ma in piena comunione con il papa) non usano la clausola nel loro credo. Pensano però che la dottrina che rappresenta sia vera, dato che si tratta di un dogma della fede cattolica romana. Molte chiese protestanti che prendono una posizione in materia, di solito accettano il filioque.
Dopo lo Scisma d'Oriente-Occidente del 1054, le Chiese d'Oriente e d'Occidente tentarono di riunirsi in due distinti concili medievali, e il filioque fu una questione in ciascuno di essi. Nonostante le concessioni greche, né il Secondo Concilio di Lione (1274) né il Concilio di Ferrera-Firenze (1438 - 1535) raggiunsero l'unione desiderata.
La clausola è più spesso chiamata "il filioque" o semplicemente filioque.