Le sequenze di DNA non codificanti sono quelle parti del DNA di un organismo che non codificano le sequenze di proteine.
Alcuni DNA non codificanti sono trascritti in molecole di RNA funzionali non codificanti (ad esempio RNA di trasferimento, RNA ribosomiale e RNA regolatori), mentre altri non sono trascritti o danno luogo a trascrizioni di RNA di funzione sconosciuta. La quantità di DNA non codificante varia notevolmente tra le specie. Ad esempio, oltre il 98% del genoma umano è DNA non codificante, mentre solo circa il 2% di un tipico genoma batterico è DNA non codificante.
Inizialmente, una gran parte del DNA non codificante non aveva alcuna funzione biologica nota. Era noto come "DNA spazzatura", in particolare sulla stampa. Tuttavia, è noto da anni che molte sequenze non codificanti sono funzionali. Questi includono geni per le molecole di RNA funzionali e sequenze di DNA come i segnali di "start replication", i centromeri e i telomeri.
Altre sequenze non codificate hanno probabilmente, ma non ancora scoperte, funzioni. Questo si deduce dagli elevati livelli di somiglianza delle sequenze osservati in diverse specie di DNA.
Il progetto Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) ha suggerito nel settembre 2012 che oltre l'80% del DNA nel genoma umano "serve a qualche scopo, biochimicamente parlando". Questa conclusione è stata fortemente criticata da alcuni altri scienziati.
