Le Prime Nazioni del Canada hanno vissuto a Point Pelee per molto tempo. Questo prima che gli europei venissero a colonizzare la zona. Si pensa che la gente vivesse sul più grande sito archeologico che è stato trovato a Point Pelee tra il 700 e il 900 d.C. Point Pelee fu nominato da due preti nel 1670. Erano i padri Dollier e Galinee. La parola pelée è la parola francese per calvo.
I naturalisti e i cacciatori volevano proteggere la zona. Pensavano che la biodiversità dei virds avesse bisogno di essere protetta dallo sviluppo del territorio nella zona. Prima della creazione del parco, fu creato un gruppo chiamato Great Lakes Ornithological Society. Hanno studiato la migrazione degli uccelli nella zona. Nel 1915, raccomandarono che Point Pelee diventasse un parco nazionale. Fu il primo parco nazionale che fu creato per proteggere la zona. Questo cambiò il modo di creare i parchi nazionali. Quando il parco fu creato, c'erano ancora molti cottage nella zona e due hotel. C'erano anche molte fattorie e una scuola.
Molti cottage erano ancora in costruzione dopo la creazione del parco nazionale. Dopo il crollo di Wall Street del 1929, non furono più venduti terreni nel parco. Il parco aveva un piano di sviluppo negli anni '20. Un'autostrada doveva essere costruita nel parco. A partire dagli anni '60, molte persone andarono al parco. Point Pelee divenne il parco nazionale dove andavano più persone. Quasi 781 000 persone andarono a Point Pelee nel 1963. Poiché molte persone visitarono il parco, molta della natura e della fauna fu distrutta. Il governo del Canada disse che Point Pelee non doveva più essere un parco nazionale a causa di questo.
Dopo gli anni '80, il governo del Canada ha iniziato a proteggere maggiormente la zona. Hanno smesso di permettere alle auto di guidare fino alla punta. Invece, iniziarono una navetta per la discarica. Cominciarono a comprare tutti i cottage nel parco e a rimuoverli. Hanno rimosso più di 350 edifici. Hanno anche rimosso due strade. Nel 1989, la caccia alle anatre non fu più permessa nel parco. Nel 1991, il governo ha iniziato ad uccidere alcuni dei cervi nel parco per proteggere le piante. Hanno ucciso alcuni dei cervi alcune altre volte dopo di allora.
Point Pelee è diventato una riserva di cielo nero nel 2006. È stato il primo parco nazionale del Canada a diventare una riserva per il cielo scuro. Nel 2006, le onde del lago Erie hanno spazzato via la punta. Dopo questo, nel 2007, la punta è riapparsa. Questo perché il livello dell'acqua del lago Erie è sceso. La punta cambia ogni anno, diventando più lunga o più corta. Nel 2017, un incendio a Point Pelee ha bruciato parte del terreno paludoso. Circa 125 ettari sono stati bruciati.
