In un colpo di Stato dell'ottobre 1965, l'esercito prese il potere dopo aver affermato che l'assassinio di alcuni alti generali era stato organizzato dal Partito comunista indonesiano. Questo fu l'inizio del Nuovo Ordine di Suharto. Questo governo era violentemente anticomunista. Pramoedya era a capo dell'Organizzazione culturale del popolo, un gruppo letterario collegato al Partito comunista indonesiano. Così il regime del Nuovo Ordine lo definì comunista e nemico dello Stato. Durante la violenta epurazione anticomunista del 1965-66, Pramoedya fu arrestato, picchiato e imprigionato dal governo di Suharto. Fu nominato prigioniero politico. I suoi libri furono vietati e fu imprigionato senza processo, prima a Nusa Kambangan, al largo della costa meridionale di Giava, e poi nella colonia penale di Buru, nelle isole orientali dell'arcipelago indonesiano. .
Gli fu proibito di scrivere durante la sua prigionia sull'isola di Buru. Ma ha creato la sua serie di lavori più conosciuta, il Buru Quartet. Si tratta di una serie di quattro romanzi di narrativa storica che raccontano lo sviluppo del nazionalismo indonesiano. I libri sono in parte basati sulle sue esperienze di crescita. I titoli in inglese dei libri sono: La Terra dell'Umanità, il Bambino di tutti i Popoli, i Passi e la Casa di Vetro. Il personaggio principale della serie si chiama Minke. È un reale giavanese minore. Il personaggio è simile a un giornalista indonesiano di nome Tirto Adhi Surjo. Era attivo nel movimento nazionalista.
Il quartetto comprende forti caratteri femminili di etnia indonesiana e cinese. I libri mostrano quanto sia stato difficile per queste persone vivere sotto il dominio coloniale. Hanno subito discriminazioni e attacchi razzisti. Hanno lottato per l'indipendenza politica personale e nazionale. Questi libri sono tipici di gran parte della scrittura di Pramoedya. Raccontano storie personali e si concentrano su individui coinvolti nei movimenti della storia di una nazione.
Pramoedya aveva fatto ricerche per i libri prima di essere mandato nel campo di prigionia di Buru. Quando fu arrestato, la sua biblioteca fu bruciata e gran parte della sua collezione e dei suoi primi scritti andarono perduti. Nell'isola della colonia carceraria di Buru non gli fu permesso di avere nemmeno una matita. Pramoedya pensava che sarebbe mai stato in grado di scrivere i romanzi su carta. Raccontò le storie dei romanzi ai suoi compagni di prigionia. Gli altri prigionieri ascoltavano le storie e poi lo aiutavano. Fecero del lavoro extra in modo che Pramoedya non dovesse lavorare così tanto. Così alla fine è riuscito a scrivere i romanzi. Gli ultimi libri hanno preso il loro nome, "Buru Quartet", dalla prigione dove li ha creati. Sono stati raccolti e pubblicati in inglese. Maxwell Lane li ha tradotti. Sono anche in molte altre lingue. Nel 2005 sono stati pubblicati in 33 lingue (BIWP). Molte persone al di fuori dell'Indonesia però che questi libri sono eccellenti. Hanno vinto molti premi. Ma il governo indonesiano ha vietato la pubblicazione in Indonesia. Così una delle opere letterarie più famose dell'Indonesia è stata quasi impossibile trovare il popolo del Paese di cui si è occupata la storia. Gli indonesiani all'estero ne hanno scannerizzato delle copie e le hanno condivise su Internet con le persone all'interno del Paese.
Le opere di Pramoedya sull'Indonesia coloniale hanno riconosciuto l'importanza dell'Islam come veicolo di opposizione popolare agli olandesi. Le sue opere non riguardano la religione e non hanno temi religiosi chiari. Si opponeva a chi usava la religione per controllare il modo di pensare della gente. A volte ha scritto in modo negativo sulla religiosità religiosa.
