La coniugazione batterica è il trasferimento di materiale genetico tra le cellule batteriche per contatto diretto da cellula a cellula o per mezzo di un collegamento a ponte tra due cellule.
La coniugazione è un meccanismo di trasferimento genico orizzontale, così come la trasformazione e la trasduzione, anche se questi altri due meccanismi non comportano il contatto tra cellule.
La coniugazione batterica è stata scoperta dai premi Nobel Joshua Lederberg e Edward Tatum. Essi hanno dimostrato che il batterio Escherichia coli è entrato in una fase sessuale durante la quale poteva condividere le informazioni genetiche.
La coniugazione batterica è spesso erroneamente considerata l'equivalente della riproduzione sessuale, poiché comporta lo scambio di materiale genetico. Durante la coniugazione la cellula donatrice fornisce un elemento genetico coniugativo o mobilizzabile che è più spesso un plasmide o un trasposone. La maggior parte dei plasmidi coniugativi ha sistemi che assicurano che la cellula ricevente non contenga già un elemento simile.
Le informazioni genetiche trasferite sono spesso vantaggiose per il ricevente. I benefici possono includere la resistenza agli antibiotici, la tolleranza agli xenobiotici o la capacità di utilizzare nuovi metaboliti. Tali plasmidi benefici possono essere considerati endosimbionti batterici. Altri elementi, tuttavia, possono essere considerati parassiti batterici e la coniugazione come un meccanismo da essi sviluppato per consentire la loro diffusione.

