Un marcatore selezionabile è un gene reporter introdotto in una cellula insieme a un inserto genico. Ciò significa che lo sperimentatore può dire che il gene giusto è nella cellula perché il marcatore può essere visto o rilevato.

Il più delle volte, questo è usato per i batteri o per le cellule in coltura. I marcatori selezionabili mostrano il successo di una trasfezione o di altre procedure destinate a introdurre DNA estraneo in una cellula. È una tecnica nel gene targeting e nel gene knockout.

I marcatori selezionabili sono spesso geni di resistenza agli antibiotici; i batteri che sono stati sottoposti a una procedura per introdurre DNA estraneo vengono coltivati su un terreno contenente un antibiotico. L'antibiotico mette fuori combattimento le cellule che non hanno il marcatore di resistenza. Le colonie batteriche che possono crescere hanno assunto ed espresso con successo il materiale genetico introdotto.

Un'alternativa a un marcatore selezionabile è un marcatore schermabile, che permette al ricercatore di distinguere tra cellule desiderate e indesiderate.

Esempi di marcatori selezionabili includono: