Si suppone che la storia si svolga nella metà del XIV secolo a Genova. Genova è oggi una città italiana, ma a quei tempi l'Italia non era ancora una nazione, e Genova, come Venezia, era una piccola repubblica, governata da un Doge (pronunciato "Doadz" in inglese, è una parola italiana che significa "duca"). Fino all'epoca di questa storia il Doge era sempre stato scelto da uno dei ricchi patrizi. La gente comune (i plebei) non poteva essere scelta come doge.
All'inizio della storia Fiesco è il doge di Genova. Ha una figlia Maria. Maria si è innamorata di Simon Boccanegra che è un plebeo, quindi non sarebbe abbastanza importante per poterla sposare, anche se è diventato un eroe perché ha combattuto molti pirati. Simon e Maria hanno avuto un figlio, una bambina. Dopo la sua nascita fu affidata a una vecchia signora perché se ne prendesse cura, ma un giorno la vecchia signora morì e la piccola bambina vagò da sola. Fu trovata in riva al mare dal conte Grimaldi che la prese e la accudì come se fosse sua figlia.
Nessuno sa cosa sia successo alla bambina. Il conte Grimaldi non sa chi sia. Pensa che sia un'orfana.
Prologo
Quando l'opera inizia, Paolo, il leader del partito plebeo, convince Pietro a incoraggiare i plebei a votare per Simon Boccanegra come nuovo doge di Genova. Boccanegra arriva e accetta di diventare doge se venisse scelto. Simon pensa che questo farebbe sì che Fiesco gli permetta di sposare Maria. Negli ultimi tre mesi Fiesco ha chiuso sua figlia nel palazzo perché aveva avuto un figlio con Simon.
Maria muore (non la vediamo mai nell'opera). Fiesco ora lamenta la morte di sua figlia. Simon prega Fiesco di perdonarlo. Fiesco non gli dice che Maria è appena morta. Promette di perdonarlo solo se Simon gli permette di avere sua nipote. Simon spiega che non può perché la bambina è scomparsa. Va nella stanza di Maria e scopre che è morta. Il popolo canta felice perché Simone è il nuovo Doge.
Atto 1
La storia del primo atto si svolge 25 anni dopo. Simone è ancora il Doge. Ha mandato in esilio molti dei suoi nemici e ha portato via le loro proprietà. Il conte Grimaldi è una delle persone che è stata esiliata. Nel castello dei Grimaldi, Fiesco si fa chiamare Andrea Grimaldi in modo che la gente non sappia chi è. Sta complottando con i nemici di Simon per rovesciarlo. Non sa che sua nipote (la figlia di Simon) è la giovane donna chiamata Amelia Grimaldi che vive nel castello.
All'inizio del primo atto vediamo Amelia che canta una bella canzone sul mattino, il mare e le stelle. Ha un amante, Gabriele Adorno. Quando lui arriva, lei lo avverte dei pericoli dei complotti politici. Viene portata la notizia dell'arrivo del Doge. Amelia è preoccupata che il Doge la faccia sposare con Paolo, così chiede a Gabriele di chiedere subito ad Andrea (che in realtà è Fiesco) il permesso di sposarsi. Fiesco è d'accordo. Dice a Gabriele che lei era una povera orfana che era stata trovata (non si rende conto che si tratta di sua nipote). Gabriele dice che a lui non interessa, così Fiesco benedice il matrimonio.
Entra Simon. Le dice che il conte Grimaldi è perdonato e può tornare a casa. Le chiede se vuole sposare Paolo, ma lei rifiuta. Lei gli dice che è orfana e gli mostra un medaglione con una foto di sua madre. Simon capisce che Amelia è la sua figlia perduta da tempo. Sono molto felici di essersi ritrovati. Quando entra Paolo, Simon gli dice che non può sposarla. Paolo è furioso e decide di rapire Amelia.
Nella scena successiva vediamo Simone circondato dai membri plebei e patrizi del suo Consiglio. Stanno discutendo se fare la pace con la repubblica di Venezia. Improvvisamente entra una folla che grida la morte di Simone. Inseguono Gabriele. Gabriele confessa di aver ucciso Lorenzino per aver tentato di rapire Amelia. Mentre Lorenzino giaceva morente aveva detto che gli era stato detto da una persona importante di rapirla. Adorno intuisce che Simon deve aver ordinato il rapimento. Sta per attaccarlo quando Amelia arriva di corsa e ferma la lotta Simon arresta Gabriele. Si rende conto che Paolo deve essere il vero rapitore, e fa in modo che tutti (compreso Paolo) lo maledicano. Simon e sua figlia rimangono soli sul palco alla fine dell'atto.
Atto 2
Paolo è spaventato. È furioso con Simone e decide che deve avvelenarlo. Fiesco e Gabriele vengono fatti entrare. Paolo dice a Fiesco che può essere libero se uccide Simon. Fiesco rifiuta. Proprio mentre Fiesco e Gabriele stanno per andarsene, Paolo chiede a Gabriele se sa che Amelia è qui a palazzo ad avere una relazione con Simon. Gabriele è furioso. Quando Amelia entra, nega la storia. Dice a Gabriele che lo ama e cerca di convincerlo ad andarsene, ma Simon sta arrivando e Gabriele si nasconde.
Amelia dice a Simon che morirebbe per Gabriele. Simon accetta di perdonarlo. Beve da un bicchiere di vino avvelenato, che Paolo aveva messo sul tavolo, e si addormenta. Gabriele cerca di ucciderlo, ma Amelia lo ferma. Simon si sveglia. Dice a Gabriele che Amelia è sua figlia. Gabriele implora Simon di perdonarlo e gli promette che combatterà per lui.
Atto 3
Questo si svolge in una grande sala che si affaccia sul porto. Fiesco è stato liberato, ma Paolo è condannato a morte per aver guidato la rivolta contro il Doge. Paolo dice a Fiesco che ha avvelenato Simon. Fiesco va da Simone, che ora sta morendo (il veleno sta agendo lentamente). Simon riconosce il suo vecchio nemico che pensava fosse morto. È felice di dirgli che Amelia è la sua nipote scomparsa da tempo. Fiesco si sente terribilmente triste e racconta a Simon del veleno. Gabriele e Amelia si sono appena sposati. Scoprono che il padre e il nonno di lei sono ora amici. Simon chiede che Gabriele sia il prossimo Doge quando morirà. Fiesco va alla finestra e annuncia alla folla che Gabriele Adorno è ora il nuovo Doge e che Simon Boccanegra è morto.
